亚临床甲状腺功能减退症通常无症状，然而约30％的患者表现出某些症状，仍可提示亚临床甲减的存在，如皮肤干燥（28％）、记忆力差（24％）、反应迟钝（22％）、肌无力（22％）、疲乏（18％）、肌肉抽筋（17％）、畏寒（15％）、眼睑水肿（12％）、便秘（8％）、声音嘶哑（7％）。因手术、放疗等原因所致的甲减一般无甲状腺肿大，而其他原因所致者常伴甲状腺肿大。值得注意的是，症状与甲状腺激素间存在剂量依赖效应。
1、神经行为异常和神经肌肉功能紊乱 如抑郁、记忆力下降、认知障碍和多种神经肌肉症状等在亚临床甲减患者中多有发生。还可表现为骨骼肌异常，包括血清肌酸磷酸激酶（CPK）和乳酸升高等。尽管甲状腺功能正常，亚临床甲减的孕妇的后代智力发育仍然减慢。
2、对心肺功能的影响 心肌密度测定发现心肌存在异常；静息和运动状态下，亚临床甲减患者的心肌收缩和舒张功能轻微受到影响；在运动负荷下，心输出量、大动脉最大流量等下降。肺功能测定表现为肺活量下降等。亚临床甲减对心肺功能的影响较轻微，虽然与甲状腺功能正常者相比有差异，但是重要的是，这种差异是否产生严重的临床损害。
3、心血管疾病的危险因素 由于亚临床甲减往往伴有血清总胆固醇（TC）和低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）升高，以及高密度脂蛋白胆固醇（HDL-C）降低，被广泛地认为是心血管疾病的危险因素。有研究发现，促甲状腺激素（TSH）水平每升高1mU/L，TC升高0.09～0.16mmol/L，而TSH与LDL-C的关系在胰岛素抵抗的患者中更加密切。亚临床甲减患者可表现为血管内皮功能异常，如血流介导和内皮依赖的血管舒张功能受损。最新的研究发现，亚临床甲减患者大动脉硬化和心肌梗死的患病率较高。