症状轻重与感染虫数，寄生部位和持续时间有密切关系，异尖线虫幼虫可寄生于咽喉，胃和肠黏膜内，但胃受累为最常见，约为肠的2倍，日本报告胃异尖线虫病最多（97.3％）。
潜伏期一般为2～20h，据日本报告从吃生鱼片至发病的最短为30min，最长为168h，3～8h内发病者占64％，12h内发病者占88％，肠异尖线虫病潜伏期较长，一般在吃鱼片后1～5天发病，临床症状与体征按幼虫侵入部位可分述如下：
1、胃异尖线虫病
可分为急性型和慢性型，前者是由于再感染而引起的Arthus型过敏性炎症；后者是为初次感染所致的局限性过敏反应，幼虫寄生于胃体部和胃角部占85％以上，临床表现有上腹部疼痛或绞痛，反复发作，常伴恶心，呕吐；少数有下腹痛，偶有腹泻，70％患者大便隐血阳性，外周血嗜酸性粒细胞明显增高，胃X线钡餐检查150例，其中有胃角增宽，胃窦部僵直，狭窄或胃蠕动时有强直感者68例；有充盈缺损样改变者16例，胃水肿以压迫时柔软性消失及胃黏膜皱襞肿大作为判断依据，胃可见充盈缺损和粗大皱襞者70例，胃水肿和黏膜皱襞肿大波及胃体部伴明显变形者34例，113例X线摄片检查均见有虫体，胃镜检查150例，除贲门部外均可见到虫体钻入，以胃角和胃体部为多，局部可见界限不清的轻微隆起，皱襞肿大；在虫体钻入处的胃黏膜有轻度渗血及糜烂者38例，150例中检出虫体151条，均为异尖线虫第三期幼虫，其中检出3条者1例，2条者3例，其余各1条。
2、肠异尖线虫病
男女之比约1.8∶1，10～39岁患者为主，病变部位有十二指肠，空肠，回肠，盲肠，阑尾和直肠等，常在吃生鱼片后1～5天内突然剧烈腹痛，恶心，呕吐，腹胀，低热，继而出现腹泻，柏油样黏液便，右下腹和脐周等处有压痛，有时可伴有荨麻疹等，患者常因肠穿孔，腹膜炎或局限性肠坏死而手术，在病变组织中发现本幼虫而确诊。