隐睾患者主要表现为生育能力的丧失、恶性肿瘤的发生、疝气及睾丸扭转等，其具体临床表现如下所述。
1、不育症
隐睾会导致生殖细胞受损，及早行外科处理使睾丸固定于阴囊，以减少生育能力降低的发生风险。隐睾症最早期的产后组织学异常是在出生后第1个月即可观察到的间质细胞发育不良。青春期后的单侧隐睾应予以摘除，因其在将来易发生恶变及扭转，绝大部分睾丸都丧失了生育能力。
2、恶性变
出生时睾丸未降的儿童有发生睾丸恶性肿瘤的风险。有过隐睾症的男性中生殖细胞肿瘤的发病率约是正常人的40倍。睾丸未降的位置影响着睾丸发生肿瘤的相对危险度，位置越高，恶性变的风险越大。一半的腹腔内睾丸会发生恶性变。隐睾所致的睾丸肿瘤类型中最常见的是精原细胞瘤。隐睾患者中原位癌的发病率是1.7％。
3、疝气
90％的睾丸未降病人鞘状突未闭。鞘状突通常在睾丸下降后和出生后第1个月内闭合，鞘状突未闭伴有更高风险的附睾异常。鞘状突未闭的临床意义是其可以影响隐睾症的激素治疗效果。
4、睾丸扭转
隐睾可能有睾丸引带、提睾肌附着异常或睾丸鞘膜的附着异常，易于发生睾丸扭转。尽管未下降睾丸很少发生扭转，但在腹痛或腹股沟疼痛伴同侧阴囊空虚者应考虑睾丸扭转。