心脏粘液瘤的症状取决于肿瘤的位置，其临床表现主要有心脏血流动力学紊乱、动脉栓塞和全身表现三个部分。
1、血流动力学紊乱
心脏粘液瘤体积增大至一定程度，尤其是蒂长有活动度者，可阻塞二尖瓣口，引起血流障碍，产生瓣膜狭窄的症状和体征，如心悸、气短、端坐呼吸、晕厥、咯血等。如果这种梗阻为间歇性发作，患者可出现短暂的昏厥，且常与体位的变化有关，部分患者可能会发生猝死。少数患者由于肿瘤梗阻或瓣叶损伤，而出现二尖瓣或三尖瓣口关闭不全。肿瘤也可阻塞肺静脉和腔静脉开口，导致肺静脉和腔静脉引流障碍。
2、动脉栓塞
动脉栓塞的原因可以是肿瘤的碎片，也可能是整个肿瘤随血流漂动，引起体动脉栓塞。息肉状和葡萄状的粘液瘤较易脱落导致栓塞。50％的体循环栓塞发生在脑血管，引起昏迷、偏瘫、失语等症状。体循环栓塞还可引起急腹症、肢体疼痛、坏死等。
3、全身反应
大约30％的心脏粘液瘤患者可出现全身反应，表现为发热、消瘦、食欲不振、乏力、关节或肌肉疼痛、杵状指（趾）、贫血，血沉增快，C反应蛋白阳性，g球蛋白升高，肌酐激酶及转氨酶升高等。瘤体较大的左房粘液瘤更易出现全身反应，这可能与粘液瘤的出血、变性、坏死而引发的自身免疫反应有关，一般药物治疗无效。手术摘除肿瘤后，症状通常可立即缓解或消失。