在接触疫水后数小时到2～3天内，尾蚴侵入处出现蚤咬样红色点状皮疹，为尾蚴皮炎，有瘙痒，数天后自退。尾蚴行经肺部时可引起咳嗽、咳血。血吸虫病的临床表现十分复杂而多样化，视虫卵沉着部位、感染轻重和机体反应而异。按其病程和主要临床表现可分为急性、慢性与晚期血吸虫病。
一、急性血吸虫病
急性血吸虫病为季节性传染病，多见于夏秋季节，以男性青壮年为多。大部发生在过去无免疫性而新近有大量尾蚴感染者，主要是常与疫水接触之故。患者感染史较明显，且多数有尾蚴皮炎史。患者全身主要症状有发热及过敏反应，皆由虫卵毒素和组织破坏后的代谢产物所引起。因虫卵在肠道大量沉积造成急性结肠炎，患者中出现腹痛、腹泻的占半数以上。腹泻每日2～3次，粪便稀薄，可带血和粘液。
二、慢性血吸虫病
由于感染程度不同，慢性血血吸虫病有无症状和症状之分。
1、无症状患者：轻度流行区以无症状患者占大多数，其健康情况和劳动力可不受影响，仅于集体普查或因其他疾病就医时偶然发现。城市中所见的血吸虫病多数也属此类，患者大多既无症状亦无阳性体征，少数患者可有轻度肝或脾脏肿大。
2、有症状患者：乙状结肠与直肠为血吸虫病病变的主要部位，故腹泻与痢疾样大便颇为常见。其轻重则因感染而异，通常以轻者为多。患者偶有腹泻，每日2～3次，间或便中带血。重者可有腹绞痛、里急后重感、痢疾样大便等。乙状结肠因虫卵沉着及纤维化而增厚，并有压痛。粪便中容易找到血吸虫卵。
另外，患者大多显示不同程度的贫血、消瘦、营养不良和劳动力减退。患者肝脾切见肿大，在早期肝大于脾。肝脏表面光滑，稍硬。感染较轻者可停于这一阶段而不再进展，重症而病程长者可发展为肝硬化。肝脏渐见缩小，但仍可扪及，特别是左叶。肝脏质硬，表面凹凸不平，有大小不等的结节。而后脾脏渐呈充血肿大。
三、晚期血吸虫病
由于反复感染，患者病情逐渐加重，出现肝硬化。门静脉压增高引起腹水和脾脏显著肿大。部分患者常发热、腹痛、腹泻和下痢、食欲不振、体重减轻等，并常贫血、营养不良性水肿。儿童若感染严重，能影响发育，可形成侏儒症。部分患者经常发热，但一般不超过38℃，可能与虫卵病的毒素对肝组织的破坏有关。此外，性机能往往减退，男性有性欲减退和阳瘘，女性则有闭经和不孕。患者面容苍老而消瘦，外观较实际年龄大，常有面部褐色素沉着。晚期时肝脏缩小，表面不平，质坚硬，脾脏渐呈充血性肿大。