治疗血吸虫病的药物有吡喹酮、呋喃丙胺、硝硫氰胺等药物，但目前吡喹酮为首选药物。
1、吡喹酮
吡喹酮为一种新的广谱抗蠕虫药，对人体3种主要血吸虫和丝虫均有杀虫效果。治疗剂量成人为每次10mg/kd，1日3次，间隔4小时，疗程2日。儿童总剂量为日70mg/kg，分3次服用，疗程1日。吡喹酮副作用轻而短暂，于服药后1小时左右出现，主要有头昏、头痛、乏力、轻度腹痛等，不需处理，于停药后数小时内消失。吡喹酮治疗日本血吸虫病有显著疗效。
2、呋喃丙胺
该药对血吸虫童虫和成虫均有一定杀灭作用。目前采用缓解肠溶片剂型，每天剂量60mg/kg（成人每天不超过3g），疗效10天，总剂量为600mg/kg。其该药的副作用为胃肠道反应，主要是食欲减退、恶心、呕吐、腹痛和腹泻，偶有便血。肌痉挛为呋喃丙胺的特殊副作用。
3、硝硫氰胺
硝硫氰胺系广谱驱虫药。目前主要采用微粉胶囊型，颗粒直径3～6μm，总剂量6～7mg/kg，等分3份，每晚服用1次，疗效3日。远期粪检阴转率可达80％左右。急性血吸虫病用总剂量10mg/kg，6日疗程。一般于开始服药后8～24日体温恢复正常，症状得到改善。本药的副作用以神经系统症状为多见，如头昏、头痛、眩晕、乏力、嗜睡或失眠、步态不稳、眼球震颤、多法和肌肉颤动等。对于肝功能代偿不良的晚期血吸虫病患者、急性肝炎恢复期未满1年和慢性肝炎、精神病史、孕妇、哺乳期妇女以及有心、肾等慢性疾病而体质虚弱者禁用。