小儿重症肌无力属于自身免疫性疾病，发生与遗传因素和病毒感染有关，其具体发病原因如下所述。
1、重症肌无力是横纹肌突触后膜烟碱样乙酰胆碱受体（nAChR）自身免疫性疾病
神经肌肉接头是通过接受乙酰胆碱（ACh）及烟碱等兴奋性递质传递与肌膜受体结合，导致离子通道开放，Na离子内流，肌膜去极化，产生终板电位，肌丝滑行，因而引起肌肉收缩。已知nAChR是造成重症肌无力（MG）自体免疫应答高度特异性的抗原，nAChR位于神经肌肉接头部的突触后膜中。实验证明MG患者胸腺上皮细胞内含肌原纤维，与骨骼肌存在共同抗原（nAChR），该抗原致敏T细胞，产生抗nAChR的抗体（nAChRab），该抗体对骨骼肌nAchR产生交差免疫应答，使受体被阻滞；并加速nAChR的降解，通过激活补体，使肌膜受到损害。电镜检查显示突触后膜IgG和C3沉积。用辣根酶标记蛇毒神经毒素电镜检测运动终板超微结构显示：MG病理损害的特征是骨骼肌突触后膜皱襞表面面积减少，nAChR活性降低，因此出现肌无力症状。
2、重症肌无力是T细胞依赖的自身免疫疾病
体液免疫大量研究资料阐明nAchR作为MG的靶子遭到损害，是由nAChRab介导的；而nAChRab对nAChR免疫应答是T细胞依赖性的，T细胞在MG自身免疫应答中起着关键作用，nAChRab的产生必须有nAChR特异性CD4+T细胞的参与。nAChR特异CD4+T细胞先通过其受体（TCR）对nAChR特异性位点的识别，然后由T辅助细胞（Th）将nAchR主要免疫原区特异性抗体提供给B细胞，促使B细胞分泌高致病性的nAChRab，Th细胞通过分泌细胞因子来实现对nAChRab分泌的调节。
3、遗传基因和病毒感染
重症肌无力是自身免疫应答异常，但启动自身免疫的病因尚未完全弄清。目前认为MG发病与人类白血病抗原（HLA）有关，其相关性与人种、地域有关，且存在性别差异。HLA-Ⅱ类抗原（包括D区的DP、DQ、DR等基因产物）在发生自体免疫过程中起重要作用。DQ比DR等位基因对自体免疫疾病更具敏感性。采用PCR-RFLP技术检测发现：我国非胸腺瘤MG与HLA-DQA1*0301基因显著相关，此外还发现DQB1*0303和DPDL*1910基因相关显著，说明MG发病与多基因遗传有关。
MG的发病除了与遗传基因有关外，还包括外在环境影响，如本病常因病毒感染而诱发或使病情加重。胸腺为免疫中枢，不论是胸腺淋巴细胞（特别是T细胞），还是上皮细胞（特别是肌样细胞含有nAchR特异性抗原），遭到免疫攻击，打破免疫耐受性，引起针对nAchR的自身免疫应答，因此使MG发病。