一、粪便检查
高倍显微镜（400倍）白细胞〉15个，红细胞少量即可临床诊断菌痢；白细胞≤15诊断肠炎。镜检亦可查见虫卵，涂片可查见阿米巴滋养体、霍乱弧菌。
二、血清免疫学检查
各种抗原抗体免疫学试验有助于各种感染性腹泻的病原学诊断，如肥达反应对伤寒、副伤寒的确诊。
三、X线检查
X线在透视下，动态观察食管、胃、十二指肠、小肠、大肠直至肛门，整个消化道的运动功能，形态，有无溃疡，有无占位性病变都有很重要的诊断价值。
四、超声波检查
腹部B超对胃肠、肝胆的形态，占位性病变等提供形态学诊断依据。
五、磁共振成像（MRI）
MRI对肝脏肿瘤，特别是肝脏恶性肿瘤与囊性病变的鉴别诊断很有意义。还可以用于炎性肠病及坏死性小肠结肠炎，淋巴瘤和外伤后肠壁血肿的诊断。
六、CT检查
在小儿腹部疾病的鉴别诊断中起重要作用，主要用于腹部包块，腹腔脓肿、外伤、肝、胰等疾病的诊断和鉴别诊断。
七、纤维胃镜、纤维结肠镜检查及腹腔镜检查
上消化道内镜包括3种：纤维内镜，电子内镜及被动式小肠镜。这些内镜具有影像清晰，可以拍照，录像，活检，便于治疗，目前已广泛用于儿科临床。腹腔镜检查可在直视下或取活体组织做病理检查以明确诊断。
八、病理检查
活体组织病理检查对腹泻的确诊具有决定意义。通过组织学检查，为疾病的确诊提供了病理诊断。
九、呼吸试验
由于方法简便，无创伤性，且适合于各年龄组儿童患者，因此可广泛应用于胃肠病临床，成为诊断胃肠病的有效手段之一。
1、氢呼气试验
（1）乳糖氢呼气试验（lactosehydrogenbreathtest）：
用于诊断乳糖吸收不良。