婴儿是维生素K缺乏症的主要患病人群，临床上根据常采用以下几种方法治疗婴儿的维生素K缺乏症。
1.口服补充维生素K
药物治疗的目的是纠正维生素K缺乏、防止并发症的发生。维生素K1可促进肝脏凝血因子合成。口服制剂需要在小肠混和到胆汁中吸收，因此不适于紧急情况下迅速纠正维生素K缺乏。新生儿通常给予维生素K1肌肉注射预防出血。如果担心肌肉或皮下注射形成血肿，维生素K也可以口服，根据缺乏的严重程度，予以5到20毫克。口服剂型的吸收需要回肠内胆盐参与而不够稳定。口服剂型适用于无症状的维生素K缺乏。
2.注射补充维生素K
在紧急情况下，可以把10-20毫克维生素K1溶解在5％的葡萄糖或0.9％的生理盐水中静脉点滴。点滴时，需要密切监测患者病情。偶见心肺骤停和/或休克发生。维生素K-1静脉给药可以在12-24小时之内纠正维生素K缺乏。如果凝血酶原时间仍不正常，应注意进一步除外肝脏疾病或弥散性血管内凝血。如果患儿存在血液成分缺陷，可输新鲜冰冻血浆补充。
3.调节婴儿肠道菌群
此外由于维生素K部分由肠道细菌合成，维生素K在回肠内吸收，细菌必须在回肠内合成，才能为人体所利用，有些抗生素抑制上述消化道的细菌生长，影响维生素K的摄入。因此若婴儿有维生素K缺乏症，同时要使用抗生素，需要补充肠道益生菌，使肠道细菌合成的维生素K增加。