无菌性脑膜炎的临床表现取决于病变主要是在脑膜或脑实质，其病情轻重差异很大，具体临床表现如下叙述：
柯萨奇病毒或埃可病毒所致的病毒性脑膜炎，临床表现相似。婴幼儿、儿童及成人均可患病，起病急性或亚急性，出现发热、头痛、恶心、呕吐、腹痛、腹泻、喉痛、全身无力等症状，较快出现颈部强直及典型的脑膜刺激征（如Kernig征阳性），重者可出现昏睡等神经系统损害的症状。少数患者出现唇周疱疹应考虑是否为疱疹性病毒所致，腮腺肿大者当应考虑有腮腺炎病毒感染的可能。
病情轻重差异很大，取决于病变主要是在脑膜或脑实质。一般说来，病毒性脑炎的临床经过较脑膜炎严重，重症脑炎更易发生急性期死亡或后遗症。
病毒性脑炎起病急，但其临床表现因主要病理改变在脑实质的部位、范围和严重程度的不同而有所不同，病毒性脑炎病程大多2～3周。
1、大多数患儿在弥漫性大脑病变基础上主要表现为发热、反复惊厥发作、不同程度意识障碍和颅压增高症状。惊厥大多呈全部性，但也可有局灶性发作。严重者呈惊厥持续状态，患儿可出现嗜睡、昏睡、昏迷、深度昏迷，甚至去皮质状态等不同程度意识改变。若出现呼吸节律不规则或瞳孔不等大，要考虑颅内高压并发脑疝的可能性。部分患儿可伴有偏瘫或肢体瘫痪。
2、有的患儿病变主要累及额叶皮质运动区，临床以反复惊厥发作为主要表现，伴或不伴发热。多数为全部性或局灶性强直阵挛或阵挛性发作，少数表现为肌阵挛或强直性发作，皆可出现痫性发作持续状态。
3、若脑部病变主要累及额叶底部、颞叶边缘系统，患者则主要表现为精神情绪异常，如躁狂、幻觉、失语以及定向力、计算力与记忆力障碍等，伴发热或无热。多种病毒均可引起此类表现，但由单纯疱疹病毒引起者最严重，该病毒脑炎的神经细胞内易见含病毒抗原颗粒的包涵体，有时被称为急性包涵体脑炎，常合并惊厥与昏迷，病死率高。
其他还有以偏瘫、单瘫、四肢瘫或各种不自主运动为主要表现者。不少患者可能同时兼有上述多种类型表现，当病变累及锥体束时出现阳性病理征。