本病常隐匿起病，从出现临床症状至就诊的平均时间为2～3年，平均38个月，患者的临床表现常较轻，乏力，低热，淋巴结肿大等非特异性症状常见，一些较大规模的临床调查发现，最常出现的症状为关节肿痛，雷诺现象和皮肤黏膜损害，而重要脏器如肾脏和中枢神经系统等受累者少见，表1总结了迄今为止主要的UCTD研究中患者的常见临床表现和实验室异常。
在随访过程中发现，患者的临床症状可随病程及治疗而波动，多呈逐渐缓解趋势，但总体而言病情活动度变化不大。
1、皮肤黏膜病变
皮肤病变相当常见，而且疹型的表现多样，部分患者以皮疹为首发症状。
盘状红斑比在SLE患者中更为常见，约出现于约34％左右的患者，各种族中均可发现，在黑人患者中发生率更高，表现为身体暴露部位的高于皮面的红色丘疹，以头颈部最常见，皮疹大小不等，形态不一，表面多有鳞屑，愈合后常遗留疤痕，局部皮肤萎缩。
颧部红斑发生率约为10％，为面颊部红色斑丘疹，可呈典型蝴蝶样分布，也可形状不规则，好转后多不留疤痕。
光过敏的发生率在13％～24％之间，约有18％的患者出现口干及眼干，黏膜溃疡较SLE发生率低，均在3％～13％左右，双手弥漫肿胀及皮下结节也有报道。
2、关节及肌肉病变
此病变较为常见，约37％～80％的患者可出现关节痛或关节炎的表现，平均发生率为55％，而关节炎的平均发生率为42％，多为非侵袭性多关节炎，很少有发生关节破坏畸形者，可累及全身各大小关节，包括指间关节，跖趾关节，下颌关节等，但以大关节炎更为常见，可伴有晨僵，但多半时间较短，关节滑液检查多提示为炎性渗出液，细胞数少，蛋白含量高时可呈黄色，细菌培养为阴性。