森林脑炎的治疗以对症处理为主，高热、抽痉、昏迷、呼吸衰竭等症状处理与乙型脑炎相同，重危病人可使用恢复期病人或已患过本病的人血清。后遗症以瘫痪为主，应采用针灸、推拿、体疗等综合治疗。
1、对症治疗高热、昏迷、抽搐、呼吸衰竭等处理：
(1)高热的处理：以物理降温为主，如冷敷、冰袋放置、30-40％酒精擦浴，冷盐水灌肠等；药物一般用小剂量醋柳酸、氨基比林口服，也可肌肉注射安热静成人1-2支，小儿10mg/kg，肌肉注射；赐他静，成人2ml肌肉注射，小儿酌减；柴胡注射液，成人2ml/次，小儿1-1、5ml/次，肌肉注射，必要时3-4小时重复使用；高热伴有抽搐患者可应用亚冬眠疗法，冬眠灵与非那根各1ml/kg，肌肉注射或静脉滴注，每4-6小时可重复给药。并给予阿米妥、水化氯醛或鲁米那(对高热不退、超高热伴反复抽搐者作为诱导剂)。一般用1-3天，应逐渐减少剂量及延长用药时间。
(2)呼吸衰竭的处理：对于上升型森林脑炎，出现周围性呼吸麻痹，如能及时施行气管切开和使用呼吸器，部分患者治后呼吸肌功能可能恢复，患者能获得生存。而对混合型患者，尤以脑膜脑炎型加脑干型所致的中枢性呼吸衰竭，气管切开后虽能延长患者生命，但严重的病灶性延髓损害难以恢复，预后很差。有报告早期短程使用肾上腺皮质激素，配合脱水剂，及时降低颅内压，对脑膜炎型所致反复惊厥，脑水肿，呼吸衰竭有着明显疗效，可使病死率降低。但肾上腺皮质激素对病毒无抑制作用而对机体免疫功能有影响，使用时应权衡利弊。
2、病原治疗：国外报告干扰素及干扰素诱导剂聚肌胞(polyI∶C)在动物实验中获得满意疗效，但临床上还待进一步观察。国外试用核酸酶制剂，包括核糖核酸酶和去氧核糖酸酶，据称能对病毒的核酸合成起选择性破坏作用，干扰病毒的复制而不损害机体细胞。用法：先做皮肤过敏试验，阴性者用0、05％普鲁卡因溶解核酸酶制剂，成人30mg/次，肌内注射，每4～5小时1次，4～6天为一疗程。