上述药物均有胃肠道反应、骨髓造血功能抑制、脱发、肝功能损害等毒性作用，有些可造成较持久和严重的不良结果，应引起重视。
能选择抑制病毒而又不影响细胞的核酸或蛋白质的代谢，是最理想的药物，已报告有盐酸胞胍，羟苄唑（羟苄苯异咪唑）。最近有报道核酸酶（nuclease）可获良效。也有用四环素族等广谱抗菌药物及乌洛托品（40％5ml静注，1次/d，7～10天）。
（2）免疫疗法：近年来研究证明病毒感染伴发的组织损害，其中部分是免疫反应的结果，故发展了免疫治疗。
①干扰素（interferon）及其诱生剂：近已确定干扰素及其诱生剂能抑制病毒血症并防止病毒侵入脑部，故在感染病毒后潜伏期使用，效果较显著。近来还在研究诱生干扰素的增效剂，以期提高疗效。
②转移因子：适用于免疫缺损患者，通过逆转细胞的免疫缺陷，可使疾病缓解。有人用来治疗急性病毒性脑炎有些效果。
③肾上腺皮质激素：已知此类激素是免疫抑制剂，能破坏或减少淋巴细胞、抗B和T细胞的功能，还能抑制炎症反应、干扰素和抗体形成；且也能改变神经胶质、胶质瘢痕而使脑组织再生。故有其利弊。尽管临床上应用已久，但目前意见尚未完全一致。考虑激素有抗炎、消水肿、稳定溶酶体系统而防止抗原抗体反应时产生有害物质，因此在适当时机上使用，且掌握适当的剂量和疗程，还是有治疗价值的。有不少人主张早期、大剂量、短疗程的方法。一般用地塞米松15～20mg加糖盐水500ml，1次/d，10～14天，改口服，渐减量。
（3）人工冬眠疗法：对于高热、躁动不安及癫痫不能控制者，氯丙嗪50mg、异丙嗪50mg和哌替啶（杜冷丁）100mg混合，每次半量肌注。
（4）中医中药治疗：
①急性期：用涤痰汤加味或在涤痰汤、白虎汤和犀角地黄汤的基础上重用清热凉血的犀角（10g）和生石膏（60～150g），加用板蓝根、板蓝根（大青叶）。高热昏迷者，可配用安宫牛黄丸或紫雪。