一、治疗
治疗目的：缓解症状，解除梗阻，改善全身症状，防止并发症出现。
1、内科治疗治疗原则：对无并发症的早期十二指肠结核患者，应内科治疗，需早期、联合、适量、规律和全程用药。
（1）一般治疗：患者需卧床休息，给予高热量、高蛋白和高维生素饮食，纠正营养不良；对腹痛者可用抗胆碱能药物，如阿托品、山莨菪碱（654-2）和颠茄；对腹泻和入量不足者，可予补液和补钾治疗，以防止电解质紊乱；对那些出现十二指肠不全梗阻的患者，可行胃肠减压术，以缓解症状。
（2）抗结核治疗：多采用短程疗法，一般用异烟肼和利福平联合治疗，疗程6～9个月；若同时合并严重肠外结核，如粟粒性肺结核和结核性脑膜炎等，常需3药联合，可加用下列药物之一，如链霉素、乙胺丁醇或吡嗪酰胺。若十二指肠结核属继发，患者过去因肺结核或其他部位的结核接受过抗结核药物治疗，结核杆菌已对第一线药物产生一定的耐药性，此时应考虑第二线药物，用药时应注意足量给药，这是药物治疗成败的关键之一，用药疗程一般1～1.5年。
2、外科治疗
（1）手术适应证：经内科治疗无效和出现并发症者，如合并完全性肠梗阻、急性肠道大出血、急性或慢性肠穿孔、十二指肠内瘘，手术原则上应行剖腹探查术，一可明确诊断，二可治疗。
（2）手术方法：手术方案的设计主要根据并发症的情况而定。十二指肠壶腹部结核可行胃部分和病变部位切除术加胃空肠吻合术，亦可采用幽门成形术和迷走神经切断术，病变不能切除的可用胃空肠吻合等转流术式。降部以下十二指肠乳头以上的梗阻可用胃空肠吻合术或胃部分切除术。十二指肠乳头以下的梗阻应在梗阻部位以上行十二指肠空肠Roux-en-Y吻合术。合并内瘘的，可根据病情选用。肾切除、横结肠部分切除、内瘘切除等。
（3）手术后抗结核治疗：无论何种术式，术后需常规抗结核治疗6～12个月。
二、预后
在抗结核药出现之前，肠结核预后差，病死率高。抗结核药在临床广泛应用以后，使肠结核的预后大为改观，特别是对黏膜结核，包括肠结核在内的疗效尤为显著。本病的预后取决于早期诊断及时治疗，当病变尚在渗出阶段，经治疗后可完全痊愈，预后良好。合理选用抗结核药物，保证充分剂量与足够疗程，是决定预后的关键。