一、病原检查
1、粪便检查
（1）生理盐水涂片法
适用于急性痢疾患者的脓血便或阿米巴肠炎的稀便，主要检查活动的滋养体，但标本必须新鲜，送检越快越好，置4℃不宜超过4～5小时，典型的阿米巴痢疾粪便为酱红色粘液样，有腥臭味，镜检可见粘液里含很多粘集成团的红细胞和较少的白细胞，有时可见棱形结晶（Charcot－Leydencrystal）和活动的滋养体，这些特点可与细菌性痢疾的粪便区别。
（2）包囊浓集法
对慢性患者的成形粪样，亦可用直接涂片法查找包囊期，常作碘液染色以显示细胞核，便于鉴别诊断，但包囊检查可用浓集法提高检出率，常用的方法有硫酸锌浮集聚法和汞碘醛离心沉淀法。
临床上多见的不典型迁延型阿米巴病，常不易在粪便内找到病原体，据分析，无症状患者或病变局限于盲肠和升结肠者，常规湿涂片或固定染色涂片的一次检出率不超过30％，间隔一天以上的3次送检，阳性率可提高至60～80％，送5次者可达90％以上。
2、人工培养
已有多种改良的培养基可供选用，从粪便标本分离培养虫体的诊断常规都用有菌培养，但一般在多数亚急性或慢性病例的检出率不高，故培养法似不宜用作常规检查，无共生物培养需特种培养基和技术要求，宜用于研究。
3、组织检查
借助乙状结肠镜或纤维结肠镜直接观察粘膜溃疡并作活检或刮拭物涂片的检出率最高，约85％的痢疾患者可用此法检出，活体标本必须取材于溃疡边缘，脓腔穿刺亦应取材于壁部，并注意脓液性状特征。
病原检查要特别注意盛器洁净及病人服药和治疗措施的影响，某些抗生素，杀虫药物，泻剂，收敛剂，高，低渗灌肠液，钡餐以及自身尿液污染均可使滋养体致死而干扰病原体的检出。