本病分为三种类型，不同类型的患者，临床症状也不同。
一、体质性青春发育延迟
患者表现为13岁仍无第二性征发育，身高可能较同龄儿童矮2个标准差，骨龄小于实际年龄，身高及生长速度与骨龄相符。
二、低促性腺激素性性腺功能低下
1、中枢神经系统疾病：较常见的与青春延迟有关的肿瘤是颅咽管瘤，临床表现有头痛、视野缺损(多为双颞侧缺损)、身材较矮、肢体无力、性征不发育等。
2、孤立性促性腺激素缺乏：患者表现为四肢长、指距大、上身与下身的比例减小。Kallmann综合征是一种较常见的孤立性促性腺激素缺乏，达青春期年龄仍无性征发育，常伴有嗅觉障碍和其他畸形。
3、特发性垂体功能低下矮小症：患者表现为青春延迟，仅有孤立性生长激素缺乏的患者当骨龄达到青春发育年龄时，会自动出现青春发育的特征，而对伴有促性腺激素缺乏者在接受治疗时，虽骨龄已超过青春发育年龄，仍不会有自动的青春发育。
4、功能性促性腺激素低减：患者可能发生青春延迟的临床表现。
三、高促性腺激素性性腺功能低下
患儿卵巢不发育，呈条索状，因性激素缺乏而性征不发育，呈性幼稚状态。除此以外，患者还常有躯体异常特征，如身矮、颈蹼、多面痣、桶状胸、肘外翻等以及内脏的多发畸形。