皮肤黏膜淋巴结综合征好发于婴幼儿，本病一般需要通过下面的检查确诊：
1、血常规及血沉
多数有中性粒细胞增多，核左移，伴有中毒颗粒，嗜酸粒细胞一般在0.5％～2％，病程早期血红蛋白及红细胞轻度下降，半数以上患者在发病第2～3周血小板显著增多，骨髓巨核细胞增殖，这种改变与血栓形成和心力衰竭有关，病程早期和恢复期血小板凝集能力亢进，血沉加速。
2、尿常规
约1/3的患者有蛋白尿，一般认为是热性蛋白尿，偶有管型，尿培养也有阳性者，多为革兰阴性杆菌。
3、生化学检查
部分患者急性期胆红素上升、转氨酶上升、C-反应蛋白强阳性，多数患者总蛋白下降、A/G下降、α2和γ球蛋白显著增加，部分患者乳酸脱氢酶升高，可超过500U。
4、免疫学检查
多数患者总补体、免疫复合物和血小板凝集因子上升，IgG、IgM、IgA一般无改变，抗“0”升高，约30％的患者ANCA和AECA阳性。
5、心电图检查
约1/2病人有心电图改变，如ST段下降、T波低平或倒置、低电压及传导阻滞等。
6、超声心动图
超声心动图可见约50％有一过性冠状动脉扩张，20％～30％发生动脉瘤，25％有心包积液。
7、心血管造影
心血管造影可观察到冠状动脉远端病变及管腔狭窄的程度。