慢性自身免疫性甲状腺炎甲状腺功能减退时，约10％～24％病人在甲状腺激素使甲状腺功能恢复正常而停药后仍保持功能正常在1年以上。有作者研究可预测恢复正常甲状腺功能的指标是：有甲状腺疾患家族史、年轻、甲状腺肿大明显（治疗前常》35g）、131Ⅰ摄取率增高、甲状腺素对TSH反应正常以及TSH受体阻断抗体转阴。有作者建议，具有上述特点的病人应在替代治疗1年后进行甲状腺激素停用试验。这种临床缓解可能归因于TSHR[Block]Ab的消失或由于某些影响因素的终止：如细胞因子、锂剂、胺碘酮或其他含碘剂的停用。但这部分病人在停药后需密切检测甲状腺功能变化，尤其在进食高碘或低碘饮食或重新启用上述药物时。在这些病人当中，也不排除存在先前未作出病因诊断的自限性甲状腺功能减退如亚急性、产后或无痛性甲状腺炎。
妊娠妇女服用甲状腺激素应适当加量，但应注意过量甲状腺激素不利于胎儿脑发育。
在甲状腺制剂加量过程中，有假性痛风（关节滑液中存在焦磷酸盐结晶沉积）发作的报道。
2、糖类肾上腺皮质激素：仅使腺体暂时缩小，发病急或伴有疼痛者可短期应用。对控制病情进展，改善症状，降低抗体滴度有一定效果，但停药复发，且顾及其副作用，一般不主张长期应用。类固醇激素对慢性淋巴细胞性甲状腺炎相关性多发性肌炎效果肯定。有作者比较甲状腺局部注射地塞米松与口服甲状腺粉（片）对慢性淋巴细胞性甲状腺炎甲状腺形态、抗体及疗效的影响，结果显示，局部激素治疗可明显降低TPOAb，TGAb水平，缩小甲状腺最大直径及面积，并明显升高甲状腺激素水平，降低TSH水平。其疗效大，疗程短。无不良反应。
3、手术：有严重压迫症状而药物治疗不能缓解或不能除外恶性病变时考虑手术治疗。有人主张甲状腺组织弥漫性损害者，如有进展性甲状腺毒症或颈部压迫，也可手术治疗。Wortsman提出慢性淋巴细胞性甲状腺炎时手术探查的指征：（1）合并冷结节；（2）甲状腺肿大明显并伴有疼痛；（3）颈部淋巴结增大并有粘连；（4）声音嘶哑；⑤治疗中甲状腺继续增大或结节不缩小。术后常规应用甲状腺激素替代治疗。也有作者认为，恰当地行甲状腺病灶切除（每侧保留5～6g），是慢性淋巴细胞性甲状腺炎治疗安全有效的方法。手术后随访3个月至7年，甲状腺功能减退的发生率9.7％。另一组随访3～10年甲状腺功能减退的发生率为4.7％。可能与手术去除抗体产生的场所有关。