慢性肝炎的治疗包括多个方面，保肝、抗纤维化、抗病毒去除病因、预防肝癌等等，其中针对不同的病因并去除病因，是慢性肝炎治疗中最重要的原则。
1、保肝治疗
药物种类比较多，包括甘草酸类制剂、水飞蓟素类制剂、五味子类制剂等。适用于所有的慢性肝炎病人。
2、抗纤维化治疗
多为中成药口服制剂，也适用于所有的慢性肝炎病人。
3、注射干扰素抗病毒治疗
包括普通干扰素（2a，2b和1b）和聚乙二醇化干扰素（2a和2b），适用于慢性乙肝以及慢性丙肝患者，疗程至少1年。干扰素联合利巴韦林是慢性丙肝的标准治疗方案，疗效取决于HCV基因分型以及对治疗的应答快慢。治疗4周内出现丙肝病毒低于检测线者（俗称为阴转），称为有快速应答（RVR），此人群对干扰素治疗效果最好，痊愈率达到87％。
4、口服核苷类似物抗病毒治疗
这类药物只适用于治疗乙型肝炎，包括慢性乙型肝炎和乙肝肝硬化。在中国大陆有以下四种药物：拉米夫定（lamivudine，LAM），阿德福韦酯(adefovirdipivoxil，ADV)，替比夫定（telbivudine，LdT），恩替卡韦(entecavir，ETV)；国际上还有第五种药物：替诺福韦（tenofovirdisoproxilfumarate，TDF），用于治疗对以上四种药物耐药的患者。核苷类似物的优点是抗病毒疗效好，副作用小，且服用方便，每日1片，在临床上得到广泛的应用，延长了肝硬化患者的生存期并明显改善了肝硬化患者的生活质量。缺点是需要长期服用，并且有耐药的风险。作为治疗慢性乙肝的特殊药品，必须在医生的指导下应用，并且需要定期复查乙肝病毒定量。若随意服药停药，会促进乙肝病毒耐药的发生及导致病情加重，甚至导致死亡。
5、免疫抑制剂
自身免疫性肝炎在保肝药物难以控制的肝功能反复时，行肝穿若提示肝内炎症活动明显，则需要使用糖皮质激素，或合并使用另一种免疫抑制剂硫唑嘌呤，可促进病情的恢复。
6、预防肿瘤的发生
慢性肝炎病史长，发生肝癌的机率增加，补充微量元素硒有助于增强抗癌能力；此外注射胸腺肽提高免疫功能，也有利于增强预防肿瘤的能力。
7、去除病因
禁酒，停止服用损伤肝脏的药物：对于酒精性肝病以及药物性肝病患者尤其重要。对于其他原因导致的慢性肝炎也有重要意义。