溃疡性结肠炎应综合治疗，包括一般治疗、药物治疗和手术治疗。
1、一般治疗
包括休息、进少渣饮食，忌食乳类及过敏食品，纠正水电解质紊乱，补充蛋白质，改善全身状况，解除精神因素及对症治疗。
2、药物治疗
溃疡性结肠炎没有特效方法，但是可通过药物促使结肠病变愈合，也可以缓解腹泻、直肠便血和腹痛等症状。治疗的两个基本的目标就是消除症状和维持无症状的状态。目前最常用的药物分为以下4类：
(1)水杨酸类药物：这类药物对轻到中度的溃疡性结肠炎有效果，同时，也可预防该疾病的再发。
(2)糖皮质激素：这类药物主要有口服制剂强的松，重症患者也可短期使用静脉制剂。因为它的副作用较多，不推荐作为长疗程治疗或维持治疗。
(3)免疫调节剂：适用于那些对氨基水杨酸类药物和糖皮质激素使用无效或部分有效的患者，也是目前维持治疗最好的药物之一。它也可用于减轻或消除患者对糖皮质激素的依赖。当患者对其他药物无反应时，它可能对维持疾病的缓解起作用。但该类药物一般服用3月左右开始起效，部分患者易出现白细胞降低。
(4)生物治疗：这是一类最新的治疗炎症性肠病的药物。相对于其他药物，它是一种疗效较高的一种药物，主要是阻断肠粘膜炎症反应的“开关”。这种药物起效快，能达到粘膜的长期修复，减少复发，可以帮助类固醇撤药，也是缓解期的维持用药。
3、手术治疗
需要手术治疗的患者，一般根据患者的病变范围、年龄、全身健康情况，选择不同的手术。第一种手术是结肠、直肠切除术，这样做虽可根治溃疡性结肠炎，但术后患者则必须以回肠造瘘度其余生(腹部上开口，以排出废渣)。另外一种手术方式只切除结肠，保留直肠，避免回肠造瘘。这就是在体内把小肠与肛管括约肌连接起来，这类手术不需要体外回肠造瘘并保留了直肠功能。常见的手术并发症包括手术口感染和反复慢性炎症(囊炎)(18.8％)，女性生育能力下降(56-80％)，盆腔败血症(9.5％)，排便次数5.2/24小时(平均值)。当内科药物治疗无效时，手术治疗可能是一种希望。