呼吸系统疾病伴发的精神障碍的治疗包括病因治疗、精神障碍的治疗及心理治疗等，其具体治疗方法如下所述。
1、病因治疗
积极治疗原发躯体疾病，消除诱发肺性脑病的各种因素，包括控制感染、改善心肺功能、纠正酸中毒、减轻或消除脑水肿；禁用或慎用麻醉药、催眠药、抗精神病药；预防呼吸道感染、充血性心力衰竭、气胸、血压下降等的发生；加强通气功能，改善脑缺氧，降低颅内压，维持电解质及酸碱平衡和控制感染并戒除吸烟等陋习。支气管哮喘者急性期还需用解痉、平喘药，以控制发作；同时祛除发作诱因如控制感染等。缓解期可进行特异性脱敏，应用抗变态反应药物如激素等；缓解期可进行非特异性脱敏疗法和应用免疫增强剂。在大多数病例中在采取相应的病因疗法后，由于呼吸道原发疾病得到控制，精神障碍亦随之缓解。
2、精神障碍的治疗
在精神障碍的处理中禁用麻醉剂及催眠剂。有意识障碍时，如兴奋躁动较轻，不必应用抗精神病药，以免进一步抑制呼吸功能。对兴奋、谵妄状态等采取少量舒必利等药为宜。兴奋过剧时可肌注地西泮（安定）或氟哌啶醇。意识清晰者为控制精神症状可口服小剂量奋乃静或氯氮平等。对意识障碍不需应用镇静药；对精神分裂样症状可给予利培酮、氟哌啶醇等抗精神病药物；对伴焦虑、抑郁症状者可采用抗焦虑药和抗抑郁剂。但均应从小剂量开始，逐渐增量，以不产生严重嗜睡为宜，并严密注意药物的其他不良副作用。
3、支持疗法
如以意识障碍为主，则需同时施行支持疗法，包括能量供给，维持水、电解质平衡和维生素的补充。可用促进脑代谢药如叁磷腺苷（ATP）、辅酶A、胞磷胆碱等。
4、心理治疗
应在上述治疗基础上同时进行，但一般需在急性期缓解后或等意识障碍恢复后，患者能接受时再施行。心理治疗手段视精神障碍的种类而定。支气管哮喘心理治疗，对功能性成分较大者，暗示治疗可缓解发作。家庭治疗，如矫正家庭成员的育儿态度，也颇为重要。
5、加强护理
护理工作中既要注意对躯体疾病的护理，又要做好精神科的特殊护理。环境和心理护理有助于消除患者的恐惧、焦虑情绪，对有意识障碍的病人特别要注意安全护理。良好的护理直接关系到躯体性精神障碍的预后和结局。