ApoB具有如下功能：
①参与VLDL的合成，装配和分泌；
②ApoBl00是肝脏合成和分泌富含三酰甘油的VLDL所必需的载脂蛋白；
③与肝素及不同的糖蛋白结合，可能参与LDL与动脉粥样斑块结合；
④ApoBl00是VLDL，IDL和LDL的结构蛋白，参与脂质转运；
⑤80％的LDL经受体途径清除，ApoB100是介导LDL与相应受体结合必不可少的配体；
⑥ApoB48为CM合成和分泌所必需，参与外源性脂质的消化吸收和运输。
（5）载脂蛋白CⅡ（ApoCⅡ）：ApoCⅡ是CM，VLDL和HDL的结构蛋白之一，分别占其蛋白成分的14％，7％～10％及1％～3％，ApoCⅡ在血浆中的浓度为0.03～0.05g/L，人ApoCⅡ为含79个氨基酸残基的单链多肽，分子质量为9.1kD。
ApoCⅡ具有下列生理功能：
①是脂蛋白脂酶（LPL）不可缺少的激活剂；
②ApoCⅡ还具有抑制肝脏对CM和VLDL摄取的作用；
③可抑制HL的活性，抑制程度与ApoCⅡ浓度呈线性关系。
（6）载脂蛋白CⅢ（ApoCⅢ）：ApoCⅢ是一种水溶性低分子蛋白质，主要分布于血浆HDL，VLDL和CM中，正常人血浆中ApoCⅢ的浓度为0.12～0.14g/L，分别占前述三类脂蛋白中的蛋白含量的2％，40％和36％，成熟的ApoCⅢ由79个氨基酸残基组成，分子质量为8.7kD。
ApoCⅢ的生理功能：
①抑制LPL活性；
②使HDL特别是HDL2的部分分解代谢率降低，HDL中ApoCⅢ含量增加，可使肝脏对HDL的清除减慢，反之，HDL中ApoCⅢ含量减少则可造成HDL的清除加快。
（7）载脂蛋白E（ApoE）：ApoE是一个含有299个氨基酸结合有磷脂的糖蛋白，其分子质量为34kD，ApoE可以在各种组织中合成，但以肝脏为主，正常人血浆ApoE浓度为0.03～0.05g/L，ApoE的浓度与血浆三酰甘油含量呈正相关。
ApoE的一级结构是一条单多肽链，其全部的氨基酸组成顺序已经被ApoEmRNA的cD-NA分析所证实，其氨基酸组成上含有10％～12％的精氨酸（按其氨基酸摩尔计算），故曾称为富含精氨酸载脂蛋白，ApoE是一个多态性蛋白，有3个常见的异构体，即EⅡ，EⅢ和EⅣ，各种ApoE异构体的主要区别是氨基酸一级结构的不同，这涉及半胱氨酸（Cys）和精氨酸（Arg）的交换：EⅢ含一个Cys（第112位）；EⅣ不含Cys，但比EⅢ多一个Arg（第112位）；EⅡ含2个Cys，但比EⅢ少一个Arg（第158位），ApoE的二级结构中含有较多的a-螺旋，这种结构在去垢剂或脂类环境中仅有极微小的改变，是比较稳定的，ApoE除具有与LDL受体结合的能力外，还可以与ApoE受体结合，ApoE受体只能与ApoE结合，它只存在于肝脏中。