膈下脓肿起始于感染，如能积极治疗使炎症逐渐消散，则能预防脓肿形成。因此，半卧位、胃肠减压、选用适当之抗菌素、以及加强支持疗法等都是预防形成脓肿的治疗。一旦形成脓肿必须及早手术引流。以防膈下脓肿穿破膈肌形成脓胸，或破入腹腔再次形成弥漫性腹膜炎，穿破附近血管引起大出血等。手术前一定确定脓肿的位置以便选择引流的切口和进路。手术避免污染胸腔和腹腔，并给以输血等支持治疗，保证病人顺利渡过手术关并及早痊愈。
膈下脓肿患者的非手术治疗：
膈下脓肿的治疗原则：1.早期应用大剂量抗生素控制感染，加强支援疗法，纠正水、电解质紊乱及酸碱平衡。抗生素的选择以脓液的细菌培养及药物敏感试验的结果作依据，在培养未获结果以前，应选择广谱抗生素，膈下感染以革兰氏阴性杆菌为主，常选用庆大酶素、氨芐青酶素及头孢菌素等抗生素。在治疗中应注意合并应用抗厌氧菌的抗生素(灭滴灵);2.脓肿形成后，原则上应手术切开排脓或穿刺置管引流，这是任何药物治疗代替不了的，根据脓肿的大小、部位选择如下术式：经皮穿刺置管引流术;经前肋缘下部手术引流;经后腰部引流;经侧胸部引流。
膈下脓肿的抗生素治疗：引流前即应开始。
(1)用药原则：早期治疗可根据经验用药，待细菌培养和药敏试验结果出来后再调整;抗厌氧菌与抗需氧菌抗生素联合用药;经静脉途径给药，至病人体温及外周血白细胞正常时为止。
(2)常用抗生素：氨基苷类对脓肿中最常见的肠杆菌高度有效;氨曲南(aztreonam)、亚胺培南(亚胺硫霉素)(imipenem)、α-羧基噻吩青霉素、克拉维酸(clavulanic acid)及喹诺酮类，或第2、3代头孢菌素，均可覆盖革兰阴性杆菌;抗厌氧菌常用甲硝唑和克林霉素(氯林可霉素)，两者效用相似，但前者价廉，国内应用更广泛;亚胺培南(亚胺硫霉素)、α-羧基噻吩青霉素等兼有抗需氧与抗厌氧菌的作用，有时可单独使用。对于少数有肠球菌存在证据者，常规加用氨苄西林。