人造瓣膜心内膜炎的临床表现与天然瓣膜心内膜炎相似，但作为诊断依据的敏感性和特异性不高，因为术后的菌血症，留置各种插管，胸部手术创口，心包切开综合征，灌注后综合征和抗凝治疗等均可引起发热，出血点，血尿等表现，95％以上患者有发热，白细胞计数增高约50％，贫血常见，但在早期PVE中皮肤病损很少发生，脾肿大多见于后期PVE中，有时血清免疫复合物滴定度可增高，类风湿因子可阳性，但血清学检查阴性者不能除外PVE的存在。
约50％患者出现返流性杂音，人造生物瓣心内膜炎主要引起瓣叶的破坏，产生关闭不全的杂音，很少发生瓣环脓肿，而机械瓣的感染主要在瓣环附着处，引起瓣环和瓣膜缝着处的缝线脱落裂开，形成瓣周漏而出现新的关闭不全杂音及溶血，使贫血加重，瓣环的弥漫性感染甚至使人造瓣膜完全撕脱，当形成瓣环脓肿时，容易扩展至邻近心脏组织，出现与自然瓣心内膜炎相似的并发症，在PVE的早期，瓣膜尚无明显破坏时，可无杂音，因而不能因未闻新杂音而延误诊断，当赘生物堵塞瓣膜口时可引起瓣膜狭窄的杂音，体循环栓塞可发生于任何部位，在真菌性PVE中（尤其是曲霉菌引起者），栓塞可能是唯一的临床发现，皮肤片状出血在早期PVE中不具有诊断意义，因为手术时经过人工心肺机转流后亦可见到，PVE的其它并发症与天然瓣心内膜炎一样，也可有心功能不全，栓塞，心肌脓肿，菌性动脉瘤等，人造瓣膜关闭音强度减弱，X线透视见到人造瓣膜的异常摆动和移位，角度大于7°～10°及瓣环裂开所致的双影征（stinsonssign），二维超声心动图发现赘生物的存在都有助于诊断，血培养常阳性，若多次血培养阴性，须警惕真菌或立克次体感染及生长缓慢的类白喉杆菌感染的可能，PVE的致病菌常来自医院，故容易具有耐药性。