感染心内膜炎及早治疗可以提高治愈率，但在应用抗生素治疗前应抽取足够的血进行培养，根据病情的轻重推迟抗生素治疗几小时乃至1～2天，并不影响本病的治愈率和预后。而明确病原体，对因治疗效果最好，下面介绍感染心内膜炎的治疗方法：
1、 抗生素治疗
(1)一般原则：
①应用要早，于24～48小时中采血培养3～5次后即可根据可能入侵途径选用抗生素，先按经验用量给药，三天后视病情作调整。
②用杀菌药，并可长时间或大量使用而无严重毒性者，还可加用有协同作用的药物。
③剂量要足，应取决于用试管法测定的药物敏感试验得出的最低抑菌浓度及用病人血清稀释8倍后仍具杀菌能力的最低杀菌浓度。
④疗程要长，一般应为4～6周，有严重栓塞或转移性脓肿者疗程应延长，人工瓣心内膜炎者疗程应更长。
(2)药物选择：
一般首选青霉素，本药毒性较小，属杀菌抗生素，剂量可适当调整，本病的大多数致病菌对其敏感，亦可根据药敏试验选用。
①致病菌未明：
常用青霉素，480万～800万U/日，分3～4次静注，链霉素1g/日，肌肉注射。如用药后三天热不退者，青霉素可加至2000万～4000万U/日，静滴。
②革兰阴性杆菌感染：
主要根据药敏试验结果用药。常见有大肠杆菌、肺炎杆菌或变形杆菌感染，可选用氨苄青霉素每日6g，分次静注，加用卡那霉素每日1～1.5g，分次肌注，或庆大霉素每日3～5mg/kg，分次肌注或静滴。产碱杆菌选用链霉素或氯霉素2g/日静滴。厌氧杆菌可用林可霉素8g/日，或红霉素和氯霉素联合应用。
③革兰阳性球菌感染：
多见草绿色链球菌、肠球菌及葡萄球菌感染。均可选用青霉素，剂量为1000万～2000万U/日，分次静滴，链霉素或庆大霉素12万～24万U/日，静滴或肌注。肠球菌感染亦可用氨苄青霉素6～129静滴，或万古霉素2～3g,分次静注和链霉素或庆大霉素合用。