如今，随着医疗水平的不断提高，手术与溶石、溶石与排石相结合的方法在临床上被广泛采用，使肝内胆管结石的治疗不仅更具有针对性和准确性，同时还更加安全、有效。与单纯胆囊结石、肝外胆管结石的治疗相比，肝内胆管结石的治疗的确存在着许多难题，如结石无法彻底取净、肝内胆管狭窄易使胆汁引流不畅、结石重新形成等。目前，治疗肝内胆管结石主要采取以手术为主的综合治疗方法：
1、无创保肝取石术
无创保肝取石是在ERCP内镜基础上，采用十二指肠大乳头球囊扩张胆管出口，将ERCP纤维内镜送入胆总管内，通过胆总管直达肝内胆管，通过肝内胆管球囊扩张肝内胆管，扩开肝内胆管内径，通畅取石通道，可以一次性彻底清除肝内胆管结石，手术全程在视频可视下内镜操作，无痛、无创伤、无出血，一次彻底治愈肝内胆管结石，保住正常的肝脏组织。
2、手术治疗
目的是尽量取净结石，解除胆道梗阻和狭窄，消除肝内感染性的病灶，从而使胆汁的排出畅通。手术的方法主要有：
①高位胆管切开取石。
②胆肠内引流。
③消除肝内感染性病灶等。
3、残石的处理
一旦患者在术后经T管造影被发现有胆道残留结石时，可在窦道形成后拔除T管，经窦道插入纤维胆道镜，在直视下用取石钳、网篮等取石。如结石过大可采用激光碎石、微爆破碎石或其它方法将残石碎裂成小块后再取出。
一般情况下，肝内胆管结石患者多无明显的临床症状，但这种静止状态不会一成不变的。当遇到寒冷、劳累过度或饮食不当等不良刺激时，患者肝内胆管中的结石就有可能由“静”变“动”，从而出现相应的症状。因此，患者应配合医生进行长期的观察和防治，不管有无症状，也不管结石的数目多少、体积大小以及是否引起肝脏的病变。有条件的患者还应定期做肝、胆B超检查和肝功能的生化检查，这样可随时了解结石的位置、性质以及肝功能是否出现了继发性病变。