肝内胆管癌的实验室检查可见血总胆红素、直接胆红素、碱性磷酸酶和γ-谷胺酰转移酶可显著升高。转氨酶一般轻度异常，这种胆红素、转氨酶升高不平衡现象有助于与病毒性肝炎相鉴别。凝血酶原时间延长，部分患者CA199、CEA可升高。此外还可进行影像学检查，影像学检查可以有助于明确胆管癌的诊断，了解有无转移灶及评估肿瘤可否切除，具体如下。
1、超声显像检查
B超检查简便、快捷、准确、花费少，可发现肝内外胆管扩张，显示胆道的梗阻部位以及梗阻的性质。超声检查是梗阻性黄疸的首选检查。
2、经皮肝穿刺胆道造影（PTC）
PTC可清晰地显示肝内外胆管树的形态、分布和阻塞部位。该检查是侵袭性的操作，术后出血和胆漏是较常见和严重的并发症。
3、内镜逆行胆胰管造影（ERCP）
ERCP不宜作为胆管癌的常规检查，甚至是相对禁忌的。对高位胆管癌，经皮肝穿刺胆道造影可以显示胆管癌的部位，也可以置放内支撑导管减黄。ERCP对下段胆管癌有诊断意义，有助于与十二指肠乳头肿瘤、胰头癌相鉴别。
4、CT检查
CT能较准确显示胆管扩张和梗阻部位、范围，对确定病变的性质准确性较高，三维螺旋CT胆道成像（SCTC）有代替PTC、ERCP检查的趋势。
5、磁共振胆胰管成像（MRCP）
MRCP检查是一种无创伤性的胆道显像技术。可以详尽地显示肝内胆管树的全貌、肿瘤阻塞部位和范围、有无肝实质的侵犯或肝转移，它是目前肝门部胆管癌理想的影像学检查手段。
6、核素显影扫描
使用99m锝EHIDA静脉注射，然后用γ相机连续摄影，可获得胆道的动态图像，对病人无损害，方法简单。
7、选择性肝动脉造影和门静脉造影
主要目的是了解门静脉及肝动脉与肿瘤的关系及受侵犯情况，帮助术前对肿瘤的可切除性做出评估。数字减影造影（DSA）可以显示肝门部入肝血流与肿瘤的关系，对胆管癌的扩大根治术有意义。