钙化上皮瘤主要依靠组织病理学检查。
组织病理显示:肿瘤边界清,周围往往有结缔组织包膜,常位于真皮下部并扩展至皮下组织,为不规则形上皮细胞岛,嵌于细胞较多的间质中,上皮细胞岛由嗜碱性细胞或无核的嗜酸性细胞组成,常伴有钙质沉着。通常肿瘤由两型细胞即嗜碱性粒细胞和影细胞构成。嗜碱性粒细胞有圆或长形深嗜碱性胞核,胞质不多,致胞核彼此密集,其边界常不清楚,因而胞核似嵌于合浆团块内一样。嗜碱性粒细胞排列在肿瘤的一侧或周边。这些细胞在某些区域可骤变为影子细胞,后者细胞边界清楚,中央为不着色区,恰如胞核消失的影子。新发生的肿瘤内有很多嗜碱性粒细胞区,肿瘤增长时,嗜碱性粒细胞减少,在长期存在的肿瘤中残留少数或无嗜碱性粒细胞。也可出现骨化,黑色素沉积和伴发巨细胞的异物反应。