肝包虫病是牧区常见的寄生虫病，手术治疗仍为治疗的主要治疗手段。手术的原则是清除内囊，防止囊液外溢，消灭外囊残腔，预防感染。具体手术方法依包囊大小，有无胆瘘和感染或钙化决定。术前可静脉滴注氢化可的松100mg，以防术中囊液不溃入腹腔引起过敏性休克，手术方式需依据有无合并感染而定。
1、内囊摘除术
临床上最常用的方法。适用于无感染的病例。切口一般选择在上腹包块隆起较显着处。手术显露包虫囊肿后，用湿纱布垫保护切口与周围脏器，纱布垫上再铺一层浸有10％甲醛溶液的纱布。在无胆汁漏情况下，再注入10％甲醛溶液杀灭头节，5min后吸出，如此反复2～3次，最后将囊内液体尽量吸净。注入甲醛溶液，浓度不宜过高，以免吸收中毒和外囊内壁呈硬化性改变或坏死。囊液吸净后，外囊切口做内翻缝合，以消灭残腔。一般囊内可不放置引流。完整内囊摘除术是肝包虫最理想的手术方法，适应证选择严格，要求有良好的麻醉，术者有娴熟的手术技能，助手协调的配合，该术式危险系数大。随着肝外科的进展及对肝包虫病病理生理学知识的增加，对手术不仅切除寄生虫外生囊，同时一并切除因寄生虫囊肿引起的囊周肝实质病变区，即清除或减少在塌陷封闭囊腔过程中的障碍。内囊摘除外囊内翻缝合或内囊摘除外囊内翻缝合加置管引流术，此法是应用多年，各地采用最多的一种术式，约占肝包虫手术病人的96％，疗效确切。
2、外囊敞开术
术式，突破肝包虫病以前治疗的一些禁区。外囊敞开术的适应证是：①完全内囊摘除和穿刺内囊摘除的单纯性包虫病。②内囊变性坏死或内囊退化以及囊壁钙化的肝包虫病。③合并轻度感染坏死而无全身症状的肝包虫病。④合并胆漏经缝合修补仅有少量胆汁渗出的肝包虫病。此术式适应证广泛，术后远、近期疗效好，无残腔形成。但一定要按无瘤原则进行，选好用好局部化疗药，选好适应证。
3、袋形缝合术
适用于已有感染的囊肿。在彻底清除内囊和囊腔内容物后，将外囊囊壁全层缝合于切口周围腹壁，腔内用纱布填塞引流。此种手术后常形成感染窦道，经久不愈。
4、肝切除术
本法能完整切除包虫，治疗效果最佳。从现代肝外科学的角度来看，切除寄生虫感染的肝脏（标准切除或广泛切除）是理想的方法，但对因包虫感染而行肝切除要谨慎，一方面是因为肝包虫病非恶性病变，且常为多中心性的生物性疾病，另一方面肝切除涉及的术后处理以及术后肝组织的再生能力等问题，因此对肝包虫病行肝切除术仅适用于囊周切除术不能清除已无法恢复正常的病变肝组织，包括：囊肿已破坏整肝段、叶或半肝；在肝叶或肝段中有大量多发性包囊，相互重叠使包囊间的正常肝实质的功能难以保留；肝实质内的包虫囊突破某些肝段或肝区的胆管，造成无法控制的胆漏；在肝实质中有包囊胆管瘘管。特别是对肝上、肝门部、中央型门静脉间包囊的手术难度较高。对以下情况可考虑作肝叶或肝部分切除术：①局限于肝左外叶或右半肝，体积巨大、单一、囊壁坚厚或钙化不易塌陷，而病侧肝组织已萎缩；②局限于肝的一叶的多发性囊肿；③引流后囊腔经久不愈，以至遗留瘘管；④囊肿感染后形成厚壁的慢性脓肿；⑤局限的肝泡状棘球蚴病者。
5、腹腔镜摘除术
腹腔镜手术治疗肝包虫病是一种微创有效方法，1992年新疆首先在国内开展了腹腔镜肝包虫内摘除术。可以肯定的说此术式对病人创伤小，术后恢复快，但术前应严格选择。手术对象的选择指征是：肝包虫囊腔直径最好小于10cm，若大于10cm则与肝内胆管相通的可能性大，术后易出现胆漏；无腹腔多脏器包虫病和包虫腔无合并感染。肝深位的或后位的包虫不易显露，不适合腹腔镜下手术；包虫腔合并感染主要原因是因其与胆道相通，术后易出现胆漏；其次周围脏器与包虫囊粘连较重操作困难。因腹腔镜肝包虫囊肿内囊摘除术对手术适应证要求严格，对手术技术水平要求高等问题。最大的缺点是有囊液渗漏的风险，通过提高该手术的技术、使用浸泡有灭头节剂的海绵保护穿刺部位以及术中应用苯丙咪唑可降低风险，腹腔镜手术还能使外科医师术中更细微地探查囊腔，从而避免遗漏任何残留的包囊或与胆管的通道。手术指征：病人肝包虫病发作，一般情况良好，无并发症。对位于肝实质深部难以切除的小包囊（<4cm）可行保守治疗。经腹腔镜治疗肝包虫病是技术性较高的内窥镜外科新技术。术者必须具备扎实的肝胆道外科学基础，丰富的处理包虫病的手术经验，熟练的腹腔镜下操作技术和对极端负责的精神。术中如用电视腹腔镜无法完成手术时，应果断中转开腹手术，是确保患者安全的重要措施。
6、肝移植治疗
由于肝泡型包虫病临床发现多在中晚期，能达到根治性切除病灶的病例不到30％，大部分病人有肝门、下腔静脉的侵犯无法切除，严重影响了病人的生活质量和生存率，数病人在5年内死亡。通过采用“背驮式”原位肝脏移植手术和先转流后游离肝周同种原位肝移植等技术，可成功治疗肝泡型包虫病，并且晚期肝包虫病是肝移植的良好指征。肝脏移植的成功为晚期肝包虫病的治疗提供了一个广阔的天地。
7、其他术式
外囊-空肠-Roux-Y吻合内引流术、包虫囊肿切除术、肝叶、肝部分切除术、大网膜填塞外囊腔等术式只适用于特殊类型的病人。