①r-GT同工酶(GGTⅡ)：应用聚丙烯酰胺梯度电泳分离法可显示同工酶12条带。Ⅰ´、Ⅱ、Ⅱ´带是原发性肝癌的特异条带，阳性率为79.7%，AFP阴性者此酶阳性率为72.7%。
②甲胎蛋白异质体(Fuc AFP)：目前以扁豆凝集素(LCA)亲和交叉免疫自显影法测定AFP异质体诊断价值为高。有二种异质体即LCA非结合型(AFP-N-L)和结合型(AFP-R-L)。肝癌含AFP-N-L平均49.13±27.20%(0～100%)，<75%为肝癌诊断标准，阳性率86.0%，随病情恶化而降低。非癌肝病AFP-N-L为93.30±7.66%，假阳性率为1.6%。
③异常凝血酶原：肝脏合成凝血酶原无活性前体，经维生素K，r羧化为活性形式。肝癌时，肝癌细胞的微粒体内维生素K依赖性羧化体系功能障碍，羟化酶活力下降，导致谷氨酸羧化不全，从而形成异常凝血酶原。最近人们发现肝癌细胞自由具有合成和释放异常凝血酶原的功能。国内用放射免疫自显影法测定异常凝血酶原≥250μg/L，为标准，肝癌阳性率为69.4%，AFP低浓度和AFP阴性肝癌的阳性率分别为68.3%和65.5%，小肝癌符合率为62.2%，多数资料表明异常凝血酶原对原发性肝癌有较高的特异性性，各种非癌肝病、继发性肝癌及良性肝肿瘤的假阳性极低，可能成为有价值的肝癌标志物。
④血清岩藻糖苷酶(AFu)：AFu属溶酶体酸性水解酶类，主要生理功能是参与岩糖基的糖蛋白、糖脂等生物活性大分子的分解代谢。AFu超过110Kat/L应考虑原发性肝癌，国内报道AFu诊断原发性肝癌的阳性率为81.2%，对AFP阴性肝癌和小肝癌阳性率分别为76.1%和70.8%，继发性肝癌、良性肝占位病变均阴性，但肝硬化、慢性肝炎的假阳性较高。
⑤M2型丙酮酸激酶(M2-PyK)：丙酮酸激酶(PyK)是糖酵解中的关键酶，有L，R，M1M2(k)型4种同工酶，胎肝及肝癌组织中主要是M2(K)可视为一种癌胚蛋白，ELIS夹心法可测到Pg级微量灵敏度高的癌标志。正常值为575.8±259.5ng/L肝癌者较正常高5倍，在小肝癌阶段即明显增高，分化愈差M2-PyK值得高愈明显。阳性率5.2%，消化道肿瘤亦可升高，而肝炎、良性肝肿瘤不高。