目前仍然没有一种药物对肠易激综合征治疗完全有效，还未形成有效的、理想的肠易激综合征治疗方案。中华医学会消化病学分会在2003年的肠易激综合征诊治共识意见中指出：“肠易激综合征治疗目的是消除患者顾虑，改善症状，提高生活质量。治疗原则是在建立良好医患关系基础上，根据症状严重程度进行分级治疗和根据症状类型进行对症治疗。注意治疗措施的个体化和综合运用”。因此建议采用综合治疗，应包括精神心理行为干预治疗、饮食调整和药物治疗。
1.建立良好的医患关系：建立良好的医患关系是最有效、最经济的肠易激综合征的治疗方法，也是所有治疗方法得以有效实施的基础。在这种关系中，医生需注意倾听、分析解释、明确问题和期望、给予答复，并使患者参与到治疗过程中，使患者树立信息，增加信任，从而减少患者的就医次数，提高患者的满意度。
2.饮食治疗：临床经验和研究发现，不良的饮食习惯和不合理的膳食结构可以加剧肠易激综合征的症状，因此，健康、平衡的饮食可助于减轻肠易激综合征患者的肠胃功能紊乱症状。①原则：肠易激综合征患者应该避免以下因素：过度饮食、大量饮酒、咖啡因、高脂饮食、某些具有产气作用的蔬菜、豆类等、精加工面粉和人工食品、山梨糖醇和果糖。②调整膳食纤维及纤维制剂：如谷物、水果、蔬菜、种子、坚果和豆类等主要膳食纤维。主要用于便秘为主要症状的患者，一般从低剂量开始逐步增加剂量并应个体化。
3.药物治疗：尽管现在尚没有一种药物能完全有效的治疗各种类型的肠易激综合征，但有不少药物可以不同程度有针对性地控制肠易激综合征的各种症状。常用药可分为以下几个类型：①解痉药。如阿托品、颠茄、溴丙胺太林、匹维溴铵、曲美布汀等。②止泻药。如洛哌丁胺、复方地芬诺酯。③导泻药。如氧化镁乳、乳果糖、山梨醇等。④益生菌。⑤抗精神病药。如地西泮、阿米替林、帕罗西汀。
4.心理和行为治疗：许多研究认为认知行为治疗、标准心理以及催眠疗法对部分肠易激综合征患者具有一定疗效。