1、克罗恩病手术适应证肠梗阻，慢性肠穿孔后形成腹腔脓肿、肠内瘘或腹壁肠瘘，长期持续出血，以及诊断上难以排除痛肿、结核者。以回肠末段克罗恩病为例，手术应切除病变部位包括近远侧肉眼观正常肠管3cm，作端端肠吻合。如因粘连严重或局部脓肿形成，不能切除，可在病变近侧3cm处切断正常肠管，内翻缝合远侧断端，近侧断端与横结肠行端侧吻合.如有脓肿应切开引流，根据情况再决定以后是否作二期手术切除病变—但不宜作单纯的病变近远侧肠侧侧吻合的短路手术。若与周围器官形成内瘘，切除克罗恩病变肠袢后，周围器官只需作瘘管修补缝合，除非同时患有克罗恩病病变。因误诊为阑尾炎等而在手术中发现为此病时，如无梗阻、穿孔等并发症，不必作肠切除术。如盲肠、末段回肠病变明显，切除阑尾后容易发生残端瘘。本病手术治疗后复发率可达50％以上。复发部位多在肠吻合口附近。
2、溃疡性结肠炎手术适应证急性肠穿孔，不能控制的肠道大出血；中毒性巨结肠；重型病人在积极的内科治疗下病情继续迅速恶化；症状反复发作.久治不愈，难以维持接近正常的生活；癌变或可疑癌变。手术要根据病人全身情况和局部病变范围而定，但必须将病变肠段完全切除，否则病变的发展得不到控制；对于病变广泛累及全部结肠和直肠的病人，须作全部结肠和直肠切除，回肠末端造口术、回肠贮袋回肠造口术或末端回肠肛管吻合术等。当病情严重，病人全身情况差，不允许一次根治时，可采用分次手术，如施行结肠大部切除、回肠和乙状结肠双造口术或单纯回肠造口术。急性中毒性巨结肠病人，除回肠造口外，还必须加做横结肠或同时再做乙状结肠侧壁造口减压术。待症状减轻、病情稳定后，再施行二期手术切除残留的病变肠段。当病变仅累及左半结肠、乙状结肠及直肠.可做直肠和左半结肠切除、横结肠造口。