(3)灌肠：0.9％盐水灌肠是有效的治疗方法。灌肠时必须注意盐水用量及排出情况，如盐水灌入后不能排出，需注入甘油、50％硫酸镁液，待大便软化后再次灌洗，应注意小肠炎的发生，如有腹胀、发热、水泻等症状时应及时住院。
(4)中西医结合非手术治疗：自1972年起同济医科大学同济医院对近200例短段型巨结肠应用了中西医结合治疗，取得了良好的效果。
①耳针：肾、交感、皮质下等穴位。
②穴位注射：肾俞及大肠俞穴注射人参、ATP、新斯的明，1次/d，交替注射。
③扩张直肠肛管：每天扩张直肠肛管1次，金属扩张或支架扩张狭窄段，每次半小时。
④中药内服：腹部高度膨胀、便秘、粪便滞积时用行气通下法，应用郁李仁、胡麻仁、厚朴、枳壳等;大便不畅，粪稀而奇臭者以补气助阳，行气导滞法治之，用党参、黄芪、巴戟天、九香虫、枳实、厚朴等;气血俱虚、津血枯燥而大便不通者，以益气养血润燥为主，佐以行气化瘀，用党参、当归、生地等。
2.手术治疗
(1)结肠造瘘术：国外学者多主张确诊后立即造瘘，国内除病情危重且高度肠梗阻，一般状况恶劣，为抢救生命时，很少做肠造瘘术。但近来有观点认为，对于梗阻时间久，扩张肠段已波及至升结肠及回盲部的患儿，主张先行造瘘术，使部分扩张的结肠能基本恢复正常，从而减少了结肠的切除范围，避免患儿术后的营养不良及发育阻碍等多方面问题。其造瘘部位一般多主张在乙状结肠神经节细胞正常肠段，因该段造瘘可以保留最大的结肠吸收范围，而且第2次根治手术时，关瘘与根治术可一次完成。如长段型不能行乙状结肠造瘘，而行横结肠造瘘时，其部位应在结肠肝曲部位，这样可以避免损伤脾曲，不致影响根治手术拖出结肠的长度。无论在何处造瘘，其瘘口必须有正常的神经节细胞，否则术后仍不能排便，症状也不能缓解。