阿米巴肝脓肿的发展过程一般比较缓慢，急性阿米巴肝炎期较短暂，如不及时治疗，继之为较长时期的慢性期。其发病可在肠阿米巴发病数周至数年后，甚至可长达30年后才出现阿米巴性肝脓肿的报道。过去病史中约有60％以上的病人有脓血便等痢疾病可查。
1、急性肝炎期
在肠阿米巴过程中，可出现肝区疼痛、肝脏肿大、压痛明显，体温升高(体温持续在38～39℃)、脉速和大量出汗等症状，此时如能及时正确治疗，炎症可得到控制，避免脓肿形成。
2、肝脓肿期
临床表现取决于脓肿的大小、部位、病程长短及有无并发症等，但大多数病人起病较缓慢，病程较长，此期间主要表现为发热、肝区疼痛、肝脏肿大等。
(1)发热：大多数起病缓慢，持续发热，体温在38～39℃，常以弛张热或间歇热居多;慢性肝脓肿体温可正常或仅为低热;如继发细菌感染或其他并发症时，体温可高达40℃以上，常伴有畏寒或寒战；体温大多上午低，午后上升。
(2)肝区疼痛：肝区持续性疼痛，偶有刺痛或剧烈疼痛，疼痛可随深呼吸、咳嗽或体位变动而加剧。如脓肿位于右膈顶部，疼痛可放射至右肩胛部或右腰背等处。
(3)局部水肿和压痛：较大的脓肿可出现右下胸、上腹部膨隆，肋间饱满，局部皮肤水肿发亮，肋间隙可增宽，局部压痛或肝区叩击痛明显，右上腹部可有压痛及肌紧张，有时可扪及肿大的肝脏或肿块。
(4)肝肿大：肝脏往往呈弥漫性肿大，病变所在部位有明显的局限性压痛及叩击痛。肿大的肝脏在右肋缘下扪及，肝脏下缘钝圆有充实感，质中，触痛明显，且多伴腹肌紧张。有些病人可出现右侧胸腔积液。