流脑主要通过呼吸道飞沫、密切接触以及母婴垂直传播。病原体存在于患者或带菌者的鼻咽部，当他们咳嗽、打喷嚏或说话时，病原体会随飞沫排出至空气中，健康人吸入这些飞沫后可能被感染。在人群密集且通风不良的环境中，这种传播方式的概率显著增加。预防措施包括佩戴口罩、保持社交距离、避免前往拥挤场所。
与患者共用餐具、水杯或直接接触其呼吸道分泌物时，病原体也可能通过口腔、鼻腔黏膜侵入人体。家庭成员或集体生活环境中易发生此类传播。日常需做好个人卫生，勤洗手并避免共用个人物品。对患者分泌物污染的物体表面应及时消毒处理。
孕妇若感染脑膜炎奈瑟菌，病原体可能通过胎盘或产道传染给新生儿，导致新生儿败血症或化脓性脑膜炎。孕期需加强产前检查，出现发热头痛等症状应及时就医。新生儿出生后需按要求接种流脑疫苗。
部分健康人群鼻咽部携带脑膜炎奈瑟菌但不发病，这类带菌者可通过日常接触传播病原体。在流行季节或疫区，带菌者是重要传染源。高危人群可预防性服用利福平片或注射流脑疫苗，但需在医生指导下进行。
病原体在患者分泌物污染的物体表面可短暂存活，通过接触污染物体后再触摸口鼻可能造成感染。在医疗机构或患者居住环境中需加强物体表面消毒，使用含氯消毒剂对门把手、桌面等高频接触区域进行定期消毒。
预防流脑需采取综合措施，包括保持室内通风、养成勤洗手习惯、避免接触患者分泌物等。流行季节前可接种A群C群脑膜炎球菌多糖疫苗或ACYW135群脑膜炎球菌多糖疫苗。出现突发高热、剧烈头痛、喷射状呕吐等症状时应立即就医，早期使用注射用头孢曲松钠等药物治疗可改善预后。日常注意加强体育锻炼，保证充足睡眠，有助于增强机体免疫力。