消化不良患者可以遵医嘱服用多种益生菌制剂，如双歧杆菌三联活菌散、枯草杆菌二联活菌颗粒、酪酸梭菌活菌散、地衣芽孢杆菌活菌胶囊和布拉氏酵母菌散等。这些益生菌通过调节肠道菌群平衡来改善消化功能，适用于饮食不当或肠道菌群紊乱引起的消化不良。
双歧杆菌三联活菌散含有长型双歧杆菌、嗜酸乳杆菌和粪肠球菌三种活性菌株，能有效抑制肠道有害菌繁殖。该药适用于因抗生素使用或饮食失调导致的肠道微生态失衡，可缓解腹胀、腹泻等症状。需注意与抗菌药物间隔两小时服用，并避免高温环境储存。
枯草杆菌二联活菌颗粒包含枯草杆菌和屎肠球菌，能促进蛋白质分解与营养吸收。特别适合儿童功能性消化不良，对食物积滞引起的嗳气、早饱感有改善作用。服用时建议用温水冲服，避免与含鞣质的食物同服影响疗效。
酪酸梭菌活菌散可分泌酪酸等短链脂肪酸，修复受损肠黏膜屏障。对于慢性消化不良伴随肠道炎症的患者，能减轻腹痛和排便异常。需注意该制剂对氧气敏感，开封后应尽快服用，糖尿病患者需关注辅料中的乳糖含量。
地衣芽孢杆菌活菌胶囊具有耐酸特性，能顺利通过胃液到达肠道定植。适用于旅行者腹泻或水土不服引发的消化不良，可与蒙脱石散等吸附剂联合使用。服用期间可能出现短暂排气增多，通常两到三天后自行缓解。
布拉氏酵母菌散是真菌类益生菌，对抗生素相关性腹泻效果显著。能改善肠道渗透压平衡，缓解消化不良伴随的稀便症状。严重免疫缺陷患者使用前需评估风险，服用时避免与超过50℃的液体混合。
选择益生菌需根据具体症状和病因，在消化科医生指导下规范用药。日常可通过食用无糖酸奶、泡菜等发酵食品补充益生菌，同时保持规律饮食，避免暴饮暴食。注意观察用药后的反应，如出现皮疹、严重腹胀等不适需及时就诊。长期消化不良者应进行胃肠镜检查，排除器质性疾病可能。