1、病因不同。流脑是脑膜炎双球菌引起的，是由带菌者或病人经呼吸道飞沫传染。而乙脑是由乙脑病毒引起的，此种病毒通过蚊虫先在牲畜(如幼猪、马、牛等)中传播，而后再传播给人。
2、流行季节不同。流脑流行每于冬末开始，春节盛行，到初夏就明显下降；乙脑流行有严格的季节性，大都在夏季和初秋。
3、症状存在差异，病程不同。两种病发病开始都有发热、头疼、恶心呕吐，典型病人可以有嗜睡、抽搐、昏迷等症状，但乙脑病人没有菌血症期，不会出现皮肤淤点，也少有很快出现休克者。重症的病人都会发生颅内压增高的种种危险症状，但乙脑病程进展不象流脑那么迅速。流脑一般病程为7-10天左右，恢复期常在口、鼻周围起疱疹，而乙脑病程约经2周方进入恢复期，甚至在发病6个月后仍遗留神经、精神方面的症状。
4、脑脊液化验结果不同。流脑在脑脊液涂片或培养时可发现脑膜炎双球菌，脑脊液浑浊如米汤样，白细胞数和蛋白质明显增高，而糖和氯化物减少；乙脑的脑脊液呈澄清或微混，白细胞数和蛋白质仅轻度增高，糖和氯化物一般正常。
打乙脑疫苗后发烧怎么处理
接种乙脑疫苗宝宝出现恶心、发烧、肿块、局部微红，全部属于正常现象。个别宝宝会在24小时内身体会出现高烧，但一般超过38.5℃才用退烧药，回家以后一定要宝宝多喝水，以降低体温和促进体内代谢产物的排泄，以防高烧。
切记不要使用抗生素药物和激素药物。妈妈一定要细心观察宝宝的反应，如果有高烧超过48小时的情况，一定要及时送往医院治疗。给宝宝接种乙脑疫苗之后，不要着急回家，要在接种现场至少休息三十分钟。
出现什么情况需要及时就诊：
1.、高烧(一般38.5℃以上)2天不退;
2.、发热伴有腹痛、腹泻等伴随症状;
3.、发热伴有抽搐症状;
4.、小于3个月的宝宝突然出现发热，因有可能是严重疾病造成的;
5.、出现脱水症状：小的婴儿换尿不湿的次数减少，或大的宝宝小便的次数减少;
6.、注射疫苗后体温超过39度，发热时间超过24小时，需要找医生判断下是不是由于疫苗反应引起的。
