-检测各种大脑先天畸形和异常囊肿、肿瘤、出血、肿胀，或血管问题
-检查外伤或中风引起的大脑损伤
-诊断脑病或脑炎等传染性或自身免疫性疾病
-异常症状评估，如顽固的头疼、头晕、无力、视力模糊或癫痫发作
-帮助检测某些慢性神经系统疾病，如多发性硬化症
-诊断垂体瘤和脑干问题
-评估发展迟缓的原因
-评估椎间盘退化或椎间盘突出
-评价先天或后天畸形的脊柱椎体骨骼
-明确脊髓组织状态
心脏检查，MRI经常用于心脏超声检测US、计算机断层扫描CT和导管介入造影，起到互补作用，提供心脏类疾病诊断或治疗前后的信息，可用于︰
-评价心脏和血管周围结构
-了解心律失常的病因
-评价感染
-评估心脏血流量和心功能
-评估心血管外科术后的结果
孩子通常会独自在磁共振检查室，当然，扫描医生或技师能实时看到、听到孩子在检查期间的情况，并保持对讲或通话始终处于开放状态。磁共振检查室也允许家人陪伴，只需家人配合扫描医生的指导，保证磁场环境中的安全。
常规的超导型磁共振外观是一个大型圆筒，孩子躺在可移动的检查床上移入磁场的中心。不同于常规的X线检查和计算机断层扫描(CT)，磁共振成像不利用电离辐射，而采用无线射频信号定向体内自然存在的氢质子，不会导致任何人体组织化学变化。通常，无线射频信号在人体产生的信号，经由表面线圈接收，成像期间线圈电流不接触人体。计算机处理从线圈接收的信号，生成一系列显示身体断层的图像。MRI检查一般包括多个序列，每个序列持续几分钟时间。磁共振对异常(或病变)组织与正常组织之间的对比显示效果，要比X线、CT和超声更好。儿童会在检查期间给予适当大小的耳塞或耳机，也可通过耳机来为你的孩子播放音乐，顺利完成整个检查。正常情况下，孩子身体感觉有点温热，任何时候若有感觉异常，他/她能够通过双向对讲通知医师或技师。成像过程中，最重要的是孩子保持完全静止，通常是只有几秒钟到几分钟的时间。孩子会听到、感受到成像中比较大的机械声音或撞击声，但只要保持不动即能顺利完成检查，获得清晰的图像。
未使用镇静剂，则无需特别恢复处理，检查结束后即恢复日常活动和正常饮食。少数患者使用磁共振对比剂会产生局部疼痛和恶心等副作用，在极少情况下，患者对对比剂过敏和发生荨麻疹、眼睛发痒或其他反应，放射科医生或其他医生将可立即予以处理。