引起手足口病的病原体主要为小RNA病毒科、肠道病毒属的柯萨奇病毒A组的2、4、5、7、9、10、16型等，B组的1、2、3、4、5型等；肠道病毒71型；埃可病毒等。其中以肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型较为常见。
肠道病毒适合在湿、热的环境下生存与传播，对乙醚、去氯胆酸盐等不敏感，75%酒精和5%来苏亦不能将它灭活，但对紫外线和干燥敏感。各种氧化剂（高锰酸钾、漂白粉等）、甲醛、碘酒都能灭活病毒。病毒在50℃可以被迅速灭活，但1mol浓度二价阳离子环境可以提高病毒对热灭活的抵抗力，病毒在4℃可以存活1年，在-20℃可以长期保存，在外环境中病毒可以长期存活。
手足口病怎样传播？
1、传播方式
手足口病传播方式多样，以通过人群密切接触传播为主。病毒可通过唾液、疱疹液、粪便等污染的手、毛巾、手绢、牙杯、玩具、食具、奶具以及床上用品、内衣等引起间接接触传播；患者咽喉分泌物及唾液中的病毒可通过飞沫传播；如接触被病毒污染的水源，亦可经水感染；门诊交叉感染和口腔器械消毒不合格亦是造成传播的原因之一。
2、易感人群
人群对引起手足口病的肠道病毒普遍易感，感染后可获得免疫力。由于不同病原型别感染后抗体缺乏交叉保护力，因此，人群可反复感染发病成人大多已通过隐性感染获得相应抗体，因此，手足口病的患者主要为学龄前儿童，尤以≤3岁年龄组发病率最高。据国外文献报道，每隔2-3年在人群中可流行一次。
3、流行方式
手足口病分布极广泛，没有严格的地区性。四季均可发病，以春夏季多见，冬季的发病较为少见。手足口病流行期间，幼儿园和托儿所容易发生集体感染。家庭也有此类发病集聚现象。医院门诊的交叉感染和口腔器械消毒不严格，也可造成传播。此病传染性强，传播途径复杂，流行强度大，传播快，在短时间内即可造成大流行。
