2016年初，学校在第二附属医院设立国内首家敦煌医学特色专科，专家们灵活运用敦煌医学中的古方古药，诊治血液、脾胃、肝胆、泌尿、呼吸方面的病症，为患者们解除了不少痛苦。
走出院校，走向产业
如何将老祖宗留下的这一宝贵遗产传承好、发展好，让古老的敦煌医学发挥更大的作用，是甘肃中医药大学从事敦煌医学研究的学者们一直在思考的问题。
2008年11月，学校与甘肃青黛中草药美容研究有限公司签订协议，联合建立我国首个借助敦煌医学建立的校企联合实验室——“敦煌医学科学研究重点实验室”。该实验室的建立，打破了学校敦煌医学研究滞后于文献理论层面研究的局限，校企双方在中医中药技术创新、生物技术、敦煌医学精髓技术的挖掘整理和科研开发等多方面进行合作，促使敦煌医学研究成果产业化。
2012年，由甘肃省与教育部共同建立的“敦煌医学与转化”教育部重点实验室落户甘肃中医药大学。该实验室是教育部在甘肃批准建设的首个医药类基础与应用基础研究重点实验室，它的成立，标志着敦煌医学研究将集文献、实验和临床研究为一体。学校校长李金田亲自领衔，建设重点实验室。
“敦煌医学与转化”重点实验室针对敦煌医学研究过程中的瓶颈问题，以敦煌医学传承研究为起点，以敦煌医学开发转化研究为重点，借助理论研究和实验研究，深入研究敦煌医学中药物、药方的价值，积极开发中药院内制剂及敦煌医学中养生、保健相关产品，用科技创新实现古为今用，让敦煌医学研究更好地得到转化和应用，真正融入临床治疗，更好地服务于百姓生活，服务于健康中国战略。2017年，“敦煌医学与转化”重点实验室顺利通过教育部验收。学校实现了敦煌医学理论研究、教学研究、实验研究、临床应用的全面覆盖。