20世纪末，学校根据甘肃省教育厅重点教学改革项目，将敦煌医学中最实用、最核心的内容编著成《实用敦煌医学汇讲》。这部特色教材的问世填补了敦煌医学在教学中的空白。学校从1998年开始将敦煌医学作为选修课在校内开设，面向对敦煌医学感兴趣的学生开放。随着对敦煌医学研究的不断深入和这门课程体系的日益完善，学校在中医学、针灸学、骨伤学等专业课堂上讲授敦煌医学，深受学子们的青睐。随后，学校决定将这门课程设为本科生必修课，希望学生们通过学习相关知识，实现敦煌医学的古为今用。
为传承、弘扬敦煌医学文化，甘肃中医药大学于1993年建成了敦煌医学馆。该馆全方位展现了敦煌医学博大精深的文化底蕴，展示了敦煌医学研究领域的成就，为参观者系统了解敦煌医学形成与发展提供大量翔实的依据，被国家科技部、中宣部、教育部、中国科协确定为全国青少年科技教育基地。自开馆以来，接待参观学生达2万余人次，在参观学习过程中，培养学生学习敦煌医学宝藏的兴趣，拓宽了学生知识面，激发了爱国勤学精神。
同时，学校还开办了敦煌医学研究生班。“研究生可以在敦煌医学理论和临床实践两个方面施展才华，有很好的就业前景”，敦煌医学研究所所长李应存教授说。
走出经卷，走向临床
据了解，敦煌莫高窟“藏经洞”中发现的医学经卷有130多个，内容庞杂，涉及医经、药方书、本草、诊断、针灸、养生等。从中整理出的医方有1240首，其中可应用于临床的有100多首。从临床应用看，这些古医方显示了不错的疗效，尤其是在妇科疾病、外感热病、心脑血管疾病方面。
但让研究者们苦恼的是，发掘的大部分方子在现存医书中并没有记载，有记载的方子在药物配伍剂量上又存在很大差异，剂量不同，治疗效果则全然不同。于是，学者专家们反复斟酌经卷中药物的成分，再结合临床经验调整剂量，形成了敦煌紫苏煎、神妙补心丸方、敦煌大泻肝汤、敦煌大补肾汤等一批药方，研制出了敦煌消肿镇痛贴、敦煌石室大宝胶囊、敦煌萎胃灵胶囊、敦煌二七二腹带、敦煌消痹定痛酊等院内制剂。时至今日，这些方药还在临床中广泛应用，治疗效果获得了患者的认可。