水磨沟儿童专科医院是政府举办的非营利性公立医院，是一所集医疗、保健、教学、科研、预防保健为一体的二级甲等儿童专科医院，是水磨沟地区历史最悠久的儿童专科医院。长期以来，医院重视医疗技术的发展建设，陆续开展了中药离子导入（中频）治疗、一氧化氮检测、背心式排痰机机械排痰、肺功能检查、13-碳呼吸实验检测幽门螺杆菌感染、脑电地形图、小儿无痛电子胃镜检查、鼻腔负压置换、鼻耳内镜检查、小儿中医推拿、耳针等762余项专业技术。