1. 南京鼓楼医院：作为一所集医疗、教学、科研、预防、康复为一体的综合性三甲医院，南京鼓楼医院的男科是其重点发展科室。科室设有泌尿外科、男科等，治疗范围涵盖了前列腺、精囊腺、睾丸、附睾、阴茎、包皮、输精管等男性特定器官。
2. 南京医科大学附属第一医院：这所具有百年历史的三甲医院，男科专业实力雄厚。其泌尿外科、男科科室设有多个亚专科，以微创技术为特色，多项技术达到国际领先水平。
3. 江苏省中医院：这所三甲医院具有中医特色，男科治疗注重中西医结合。科室设有男科、中医男科等，提供慢性前列腺炎中医治疗、男性功能障碍中药治疗等服务。
4. 南京军区总医院：作为一所大型综合性三甲医院，南京军区总医院的男科治疗技术先进。科室设有泌尿外科、男科等，提供尿道下裂修复术、阴茎延长术等先进治疗技术。
5. 南京市第一医院：这是一所历史悠久的三甲医院，男科治疗经验丰富。科室设有泌尿外科、男科等，提供精索静脉曲张手术、睾丸鞘膜积液手术等服务。
南京男科病治疗方面，上述医院均具有较高的知名度和专业水平。患者可以根据自身情况和需求，选择合适的医院和科室进行就诊
