2018年至2020年，赤藓糖醇收入占营业收入的比重分别为84.65%、59.87%、78.80%，赤藓糖醇毛利占综合毛利的比重分别为84.67%、57.06%、78.59%，赤藓糖醇对公司经营业绩具有重大影响。
2018年、2019年和2020年，公司综合毛利率分别为36.85%、45.77%和42.27%。
三元生物明显高于保龄宝等同行的毛利率。之前3月份，上市委要求三元生物结合不同产品的市场竞争格局、销售区域、客户结构、生产工艺、产品质量等，详细分析并披露发行人毛利率远高于同行业可比公司，且赤藓糖醇产品毛利率远高于保龄宝的原因及合理性。
对此，三元生物称，保龄宝为国内较早从事赤藓糖醇生产的企业之一，但赤藓糖醇占其营业收入的比例较低（2018年、2019年和2020年1-6月，赤藓糖醇占营业收入的比例分别为11.37%、13.54%和20.54%）。据公开信息，保龄宝主要客户为元气森林、完美、美国SUNLAND、日本莎罗雅等，与公司客户重合度较高，公司与保龄宝的赤藓糖醇销售价格方面不存在较大差异，公司与保龄宝赤藓糖醇毛利率差异主要受生产(销售)成本影响。公司作为产能最大的赤藓糖醇专业化生产企业，受益于公司产能的规模效应及工艺技术优势，公司毛利率高于行业内赤藓糖醇生产规模较小的竞争对手保龄宝。
不过公司在招股书中也称，如果未来公司面临市场竞争加剧、主要产品销售价格下降、原材料价格居高不下、用工成本上升等不利因素，则综合毛利率将可能下降，对公司盈利能力产生不利影响，公司可能面临较高毛利率水平无法维持的风险。
与此同时，2018年、2019年和2020年，公司前五大客户的销售收入合计占当期营业收入比重分别为45.30%、55.93%和47.87%，其中莎罗雅销售占比分别为7.15%、35.04%和20.28%，公司存在销售客户相对集中的风险。
