乙胺碘呋酮是目前预防肥厚型心肌病患者出现阵发性房颤最常用的药物。对于药物控制不佳、症状仍然突出且与心室率过快相关者，或阵发性快速房颤又不宜用药物维持窦性心律者，可选择房室结消融+永久起搏器。
虽然心肌肥厚可能在出生时或儿童期就存在，但此时心脏的外表可能正常。肥厚型心肌病常是死胎的原因，也可能在婴儿期发生，此时若伴有充血性心衰常常是致命的。但肥厚型心肌病常常伴随生长而发生增加，在10几岁到20多岁发生更为多见。此期过后，在成人期心肌的厚度变化不是很明显。家族性患者在儿童、青春期通常可以通过临床检查而发现。晚发病例主要见于40岁和60岁的初期。
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