最重要的鉴别点在阿米巴性肝脓肿常有阿米巴性肠炎和脓血便病史，如在患者粪便中找到阿米巴滋养体，更具有诊断意义。此外，阿米巴性肝脓肿的症状较轻，白细胞增加不显著，且以嗜酸性者为多，病程较长，但贫血较明显;肝大明显，肋间水肿，局部隆起及压痛较明显。确实的诊断往往只有在穿刺抽得脓液以后，根据脓液的性质及细菌检查结果，方能作出最后结论。
4.其他
门静脉血栓性静脉炎有时也需与肝脓肿鉴别。单纯的血栓性门静脉炎常因门静脉血回流不畅(主要是因肝硬化及肝癌引起)及门静脉壁有病变，或者血液的成分有所改变(主要是红细胞增多或血小板增加)等原因产生。发病后门静脉内有血栓形成，患者也可有轻度寒战和发热等症状，有时可能与肝脓肿混淆。惟血栓性门静脉炎有时并可有腹水;而肝脏则多无明显肿大，无触痛，亦无黄疸，一般鉴别尚不困难。
肝癌有时与肝脓肿在鉴别上也有困难。虽然肝癌患者其肝脏的肿大多是结节性，质较硬，局部疼痛和压痛不明显，全身亦无明显炎症反应，但有时与单发性肝脓肿甚难鉴别。血清甲胎蛋白测定常呈阳性，B型超声检查等有助于鉴别。
右下叶肺炎有时也有可能与肝脓肿混淆。后者所表现的寒战发热、右侧胸痛、呼吸急促、咳嗽、肺部啰音、白细胞增高，均可疑为有下叶肺炎的表现。惟在肝脓肿时肺部一般无实变的症状，横膈有升高现象，肝脏有肿大和压痛，当可作出鉴别。
近年来，随着医疗设备和临床诊疗技术的不断进步，为本病的临床诊断提供了很多有利的条件，重要的是临床医师要能考虑到本病的存在，因为早期诊断是改善本病及预后的关键。
细菌性肝脓肿的症状
一、高热，寒战，食欲不振，恶心呕吐，多汗，乏力和消瘦是常见症状。
