《神农本草经》原书已佚，尚志钧在校注该书时，首先理顺了其文献源流。尚志钧认为，《汉书·艺文志》没有记载《本草经》，因此定《本草经》成书东汉。到了《隋书·经籍志》，记载《神农本草经》有6种，《本草经》有9种。其中有的《本草经》既含有最古的《本草经》文，亦含有名医增补的别录文。陶弘景将诸经中《本草经》文加以总结，收入《本草经集注》中，以朱笔书写，定为《本草经》文。再以《本草经集注》为分界点，尚志钧把在《集注》以前多种《本草经》称之为“陶弘景前的《本草经》”，存于宋以前类书和文、史、哲古文献的注文中；收载于《集注》中的称之为“陶弘景总结的《本草经》”，存于历代主流本草专著中。经过勘比考订，陶弘景以前的《本经》，在内容上有产地、有生境，有药物性状、形态、生态，有采收时月、剂型，有七情畏恶等，且含有名医增补的内容。陶弘景总结的《本经》原有产地，但无药物性状、形态、生态，没有七情畏恶等内容。尚志钧得出结论：现存的《证类本草》白字，向上推溯，是由陶弘景综合当时流行多种《本草经》的本子而成的。明清时期国内外学者，又从《证类本草》白字辑成多种单行本《本草经》，这些文字实际上是陶弘景整理的，并不是原始古本《本草经》。一部尚氏校点本《神农本草经》文献源流有系统、有条理地展现出来，不同时代、不同版本的《本草经》药物条文、内容、取材论断均甚得法，资料搜集甚广，并务求其本源。
提出药性分类新法
就尚志钧教授具体的学术成就与贡献而言，《新修本草》辑复本和《神农本草经》校点本这两部传世之作，打通了一道长期令人望而生畏的难关，但仅以辑复的贡献和成就还难以窥见尚志钧学问之全貌。