19部本草名著辑复本，包括《吴氏本草经》《名医别录》《雷公炮炙论》《新修本草》《食疗本草》《日华子本草》《开宝本草》《本草图经》，是尚志钧的主要学术成果，其中《新修本草》是中国最早也是世界最早的药典，文献价值极高。原书在国内久佚。清末，日本发现传抄卷子本10卷，尚缺10卷。清末李梦莹，近人范行准，日本小岛宝素、中尾万三、冈西为人等都曾做过辑复，均未成功。尚志钧自1948年开始辑复，1958年完成初稿后又推倒重来，油印本印行，再修改补充，至1981年正式出版，历时33年，援引各种参考书91种，作详尽校证6319条。选定底本、主校本、旁校本和其他资料，首先把各种古书所载《新修本草》药物条文全部录出，加以比较互勘。以最先出现的敦煌出土《新修本草》残卷，及武田本、傅氏影刻本和罗振玉氏收藏抄本为底本。《新修本草》所缺，即以《千金翼方》为底本，《千金翼方》所缺，再以人卫影印《重修政和经史证类备急本草》为底本，再以其他后出本为核校本。不仅校误字，还要校书中有关错引、脱漏、增衍和《神农本草经》《名医别录》文的混淆等，以及避讳字、通假字的处理及全书的断句标点。一部《新修本草》辑复本还其本来面貌，可以找回后世本草脱漏佚失的资料，如蒲公英治乳痈、蚤休解蛇毒、乌贼骨疗目翳等，在《新修本草》中早有记述；有助于鉴别后世本草中资料的真伪，校正后世本草的舛错，如《本草纲目》卷一“名医别录”条和“陶隐居名医别录合药分剂”条所节录的注文，实为《本草经集注》的内容，并非《名医别录》的内容。
建立本草档案
在驾驭大量本草文献史料上，尚志钧教授表现出极强的洞察力。他自觉地摆脱历史上不同时序中本草文献资料谬误对遗佚本草辑复的干扰，力求通过目录学、版本学、校勘学、辑佚学、避讳学等多种学科的基本功，结合具体对象和内容，手抄笔录，全面系统地核实了诸多文献记载，建立了本草书籍、本草人物及单味药物3个系统的卡片档案，由源及流，追根问底，查清药物运用的概貌。在此基础上旁征博引，上下贯通，构成辑佚医药方书的一张联合网图，进入了左右逢源、得心应手的学术佳境。32部本草辑复本、校点本、注释集纂编写本，可见学术功夫是多么的深厚广博。