在南京，精神科医疗资源丰富，多家医院在精神疾病诊疗领域有着卓越的表现。以下是一些备受推崇的医院：
南京脑科医院
南京脑科医院又名南京医科大学附属脑科医院、江苏省精神卫生中心，始建于1947年，是一所集医疗、教学、科研于一体的三级甲等专科医院。医院分为南、北两个院区，拥有员工近2200人，床位近2000张。其精神大科在复旦版《2022年度》医院专科排行榜中位居第6名，整体实力雄厚，擅长抑郁症、焦虑症、情感障碍、心理咨询、药物依赖、双向障碍、睡眠障碍、药物成瘾、儿童青少年心理问题、家庭婚姻问题、重型精神障碍等疾病的诊断和治疗。
南京医科大学第一附属医院
南京医科大学第一附属医院是江苏省综合实力强的三级甲等综合性医院，复旦综合榜全国第22名。其临床心理科创建于1999年，是省内综合性医院中最早建立的同类科室，年门诊量万余人次。科室现有主任/副主任医师4人、主治医师1人、住院医师3人、心理咨询师2人，均为研究生毕业，受过正规的医学心理培训，有丰富的临床经验，擅长抑郁症、焦虑症、强迫症、自闭症、躁郁症、睡眠障碍、梦魇、多动症等疾病的诊治。
南京鼓楼医院
南京鼓楼医院是一所历史悠久的三级甲等综合医院，复旦综合榜全国第35名。其医学心理科成立于2003年，目前有临床医生8名，均拥有博士或硕士学位，其中高级职称4名。治疗的主要病种包括抑郁症、焦虑症、失眠症、强迫症、躯体形式障碍等，治疗方法包括药物及心理咨询等，日门诊量在200人次左右。
东南大学附属中大医院
东南大学附属中大医院是三级甲等综合医院，复旦综合榜全国第46名。其心理咨询科成立于2005年，是江苏省首家综合性医院设立的精神卫生专科，病房于2010年成立，现有病床数40张，并设置有独立的心理治疗室、沙盘治疗室、睡眠监测室和经颅磁刺激治疗室。擅长各种心身疾病、脑器质性精神疾病、躯体疾病伴发精神障碍、精神分裂症、心境障碍、神经症性障碍等疾病的诊治。
东部战区总医院
东部战区总医院是三级甲等综合医院，复旦综合榜全国第58名。其心理咨询科由一批临床经验丰富的主治医师以上职称的医务人员组成，熟悉心理咨询科常见病、多发病、疑难病的诊治，尤其在治疗躯体形式障碍、抑郁症、焦虑症、强迫症、青少年心理、婚姻家庭问题、适应障碍、失眠等方面具有显著优势。
