在快节奏的现代生活中，心理健康问题日益受到关注，南京作为一座历史悠久且现代化的城市，拥有众多提供专业心理咨询服务的医院。这些医院不仅具备先进的医疗设备和专业的医疗团队，还为患者提供了多样化的心理健康服务。以下是一些在南京地区备受好评的心理咨询医院：
南京脑科医院是我国最早的国立神经精神病专科医院，承担着南京市、江苏省乃至全国神经、精神疾病的医疗、康复、预防、教学、科研、司法鉴定等任务，还承担着相关政府指令性工作及突发应急事件的心理救援等处置任务。精神科在复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》位列全国第6位，为首批国级家临床重点专科、江苏省重点学科，江苏拾兴卫工程重点学科。
南京医科大学第一附属医院临床心理科擅长诊治各类精神疾病，如精神分裂症、躁狂抑郁症、神经症等；各类因躯体疾病而引发或伴发的精神障碍，如脑炎、脑外伤、甲亢、高血压、糖尿病、肝炎、肾炎等疾病而出现的情绪、记忆、行为等方面的障碍；各类因心理压力而产生的心理障碍，如因考试、婚姻、工作、人际关系紧张而出现的情绪、行为、睡眠等障碍。
南京鼓楼医院医学心理科提供心理疾病的诊断、咨询和治疗，还进行心理测试、生物反馈治疗等服务，运用生物－心理－社会模式，以药物治疗与心理治疗相结合，中西医学和人文科学相互促进，让有心理障碍、精神障碍患者获得有效治疗。
东南大学附属中大医院心理咨询科，成立于2005年，是江苏省首家综合性医院设立的精神卫生专科。心理咨询科病房于2010年成立，现有病床数40张，并设置有独立的心理治疗室、沙盘治疗室、睡眠监测室和经颅磁刺激治疗室。
东部战区总医院心理咨询科，是由一批临床经验丰富的主治医师以上职称的医务人员组成。熟悉心理咨询科常见病、多发病、疑难病的诊治，尤其在治疗躯体形式障碍、抑郁症、焦虑症、强迫症、青少年心理、婚姻家庭问题、适应障碍、失眠等方面具有显著优势。
